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生物信息学软件 内容概要 生物信息学软件的主要功能简介 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 用计算机管理实验数据 寻找、预测新基因及预测其结构、功能 蛋白高级结构预测 软件在生物信息学研究中的地位和作用PCR引物及寡核苷酸设计软件核酸序列分析软件蛋白质序列分析软件序列比对软件 软件在生物信息学研究中的地位和作用 软件在生物信息学研究中的地位和作用 生物信息学软件的分类 生物信息学软件的分类 生物信息学软件的开发--- P e r l应用 生物信息学软件的开发--- 其他常用的生物信息学软件开发语言 生物信息学软件的发展方向 PCR技术的应用 研究领域：基因克隆、测序、重组 疾病诊断 法医鉴定 亲子鉴定 古生物学研究 PCR引物及寡核苷酸设计----PCR原理 高温变性 低温退火 适温延伸 PCR引物及寡核苷酸设计----条件 PCR引物及寡核苷酸设计----问题 PCR引物及寡核苷酸设计---规则 PCR引物及寡核苷酸设计---规则 PCR引物及寡核苷酸设计---规则 PCR引物及寡核苷酸设计--规则 PCR引物及寡核苷酸设计---规则 PCR引物及寡核苷酸设计---规则 PCR引物及寡核苷酸设计---规则 PCR引物及寡核苷酸设计- 引物设计软件 PCR引物及寡核苷酸设计 核酸序列分析 核酸序列分析------基础概念 核酸序列分析----基础概念 核酸序列分析----限制酶切位点分析 核酸序列分析---限制酶切位点分析 核酸序列分析---限制酶切位点分析 核酸序列分析---核酸基序位点分析 核酸序列分析---基因识别 核酸序列分析----基因识别 核酸序列分析----基因识别 核酸序列分析-----基因识别 核酸序列分析-----核酸序列分析软件 实践2：进入以下网站，初步学习分析Nosema bombycis在基因数据库里所有序列的DNA统计分析结果 DNA统计/sms/index.html DNA统计返回输入序列的每种碱基与某些碱基组的个数与比例。 蛋白质序列分析----基础概念 蛋白质序列分析---水解酶切点分析 蛋白质序列分析--蛋白质基序位点分析 蛋白质序列分析-----蛋白质特性分析 蛋白质序列分析----蛋白质特性分析 蛋白质序列分析---蛋白质特性分析 蛋白质序列分析---蛋白质特性分析 蛋白质序列分析----蛋白质二级结构预测 蛋白质序列分析蛋白质二级结构预测 蛋白质序列分析--蛋白质高级结构预测 蛋白质序列分析软件 DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建 相似性与同源性 相似性是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。可进行自身局部比较。 如 Dot Plot (点阵序列比较) 同源性指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。 如 Alignment (同源性分析) 推荐软件 相似性分析 Peptool Lite 同源性分析 Vector NTI 6---AlignX Contig Express----DNA 序列片断拼接 序列联配（比对） Vector NTI Suit 同源比较—进化树 运行在UNIX平台的序列分析软件 中国生物信息学软件 基序（motif 或称“模体”） ——具有特定功能意义的生物序列片段 如： 原核生物 Pribnow框 （－10序列）TATAAT Sextama框 （－35序列）TTGACA 真核生物 TATA框 TAT A  CAAT框 GG CAATCT AT AT CT （TATAWAW） （GGYCAATCT） 1、ORF （开放阅读框）的识别 ORF——Open Reading Frame 在DNA链上，由蛋白质合成的起始密码开始，到终止密码子为止的一个连续编码序列称为一个开放阅读框。 ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的先决条件。 1、ORF （开放阅读框）的识别 算法： a.起始密码子和终止密码子所夹区域 300bp b.选择跨度最大的 c.六个阅读框都要进行扫描 d.起始密码子可随物种不同而更改 2、TestCode 测试编码 利用编码区与非编码区密码子选用频率的差异进行编码区的统计学鉴别方法： 由于内含子的进化不受约束，而外显子则受到选择压力，因此内含子的序列要比外显子更随机。 TestCode 0.74 非编码序列 TestCode 0.95 编码序列 0.74 TestCode