蛋白质性质和结构分析生物信息学.pptVIP

Steps to use SWISS-MODEL (6/6) 旋转 移动 区域缩放 整体缩放 3.5.2 CPHmodels 181 网址：www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ 2) Click here. 1) Paste your sequence here. Example 3-26 gigb|AAM91227.1| alcohol dehydrogenase [Arabidopsis thaliana] MENGNSSSDNKSSHKPIRCKAAVSRKAGEPLVMEEIMVAPPQPFEVRIRIICTALCHSDVTFWKLQVPPACFPRILGHEAIGVVESVGENVKEVVEGDTVLPTFMPDCGDCVDCKSHKSNLCSKFPFKVSPWMPRYDNSSRFTDLNGETLFHFLNVSSFSEYTVLDVANVVKIDSSIPPSRACLLSCGVSTGVGAAWETAKVEKGSTVVIFGLGSIGLAVAEGARLCGASRIIGVDINPTKFQVGQKFGVTEFVNSMTCEKNRVSEVINEMTDGGADYCFECVGSSSLVQEAYACCRQGWGKTITLGVDKPGSQICLDSFDVLHHGKILMGSLFGGLKAKTHIPILLKRYLSNELELDKFVTHEMKFEEINDAFQLLLEGKCIRCVLWMG Wait . . . (about 5 minutes) Result of CPHmodels 按住鼠标左键可旋转图象 按住鼠标右键可缩放图象 3.5.3 3D-PSSW 181 网址：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/index2.html Click here. Steps to use 3D-PSSW swjs@ Alcohol dehydrogenase 2) Paste your sequence here. 3) Click here. 1) Enter . . . Example 3-27 试预测下面的蛋白质序列的三级结构。 gigb|AAM91227.1| alcohol dehydrogenase [Arabidopsis thaliana] MENGNSSSDNKSSHKPIRCKAAVSRKAGEPLVMEEIMVAPPQPFEVRIRIICTALCHSDVTFWKLQVPPACFPRILGHEAIGVVESVGENVKEVVEGDTVLPTFMPDCGDCVDCKSHKSNLCSKFPFKVSPWMPRYDNSSRFTDLNGETLFHFLNVSSFSEYTVLDVANVVKIDSSIPPSRACLLSCGVSTGVGAAWETAKVEKGSTVVIFGLGSIGLAVAEGARLCGASRIIGVDINPTKFQVGQKFGVTEFVNSMTCEKNRVSEVINEMTDGGADYCFECVGSSSLVQEAYACCRQGWGKTITLGVDKPGSQICLDSFDVLHHGKILMGSLFGGLKAKTHIPILLKRYLSNELELDKFVTHEMKFEEINDAFQLLLEGKCIRCVLWMG Wait . . . ( 10 ~ 20 minutes ! ) 等待10~20分钟后从E-mail信箱提取结果或点击此链接 图3.118 预测结果列表  Click here 图3.119 基于二级结构的序列对比结果 预测的二级结构 你的序列 序列比对具体情况 数据库中的序列 数据库中序列的已知二级结构 氨基酸埋藏深度与接触指数 (9: 埋藏很深/很多接触 0: 位于表面/很少接触) 图3.120 二级结构预测结果 图3.121 乙醇脱氢酶折叠识别的预测结果  Click here 需要用rasmol程序来观看（不讲） 图3.123 折叠子序列与目标序列的比对 图3.124 蛋白质分类地位描述 Summary SWISS-MODEL CPHmodels 3D-PSSW SWISS-MODEL 178 网址：//SWISS-MODEL.html Click here. * 七、蛋白质性质和结构分析 序列相似的蛋白质具有相似的三维结构 不同蛋白质中相同的结构域（domain）具有相似的功能 分析蛋白质的功能 许多生物信息学网站具有分析蛋白质性质和结构的软件 一级结构：氨基酸的排列顺序 二级结构：主要由氢键维系的结构（α-helix、β-sheet等） 三级结构：二级结构进一步折叠形成的结构域 ExPASy (Expert Protein Analysis System) htt