SNP分析原理方法及其应用.ppt

SNP分析原理方法及其应用 卢大儒 复旦大学生命科学学院 遗传工程国家重点实验室 遗传分析内容 基因组: 染色体水平 DNA水平 基因突变 重复, 缺失, 倒位,重排 甲基化 基因组不稳定 多态性: SNP STR, CNV SNPs（single nucleotide polymorphisms) 概念：指在基因组水平由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上。 SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500-1000个碱基对中即有1个，人类30亿碱基中大约有1000万个SNPs。 人类一般为二等位基因（Biallelic）。二等位基因有四种不同类型，包括一种转换CT （GA）和三种颠换CA （GT）、CG（GC）、TA（AT）。 SNPs的研究意义 1. SNPs作为第三代遗传标记（已知性、可遗传性、可检测性）,用于疾病基因的定位、克隆和鉴定。___ 路标的作用 传统研究策略（表征、蛋白、基因） 逆向遗传学 （表型、基因、蛋白） 基因定位：从400个STR到500KSNP芯片 连锁分析基因诊断 研究SNPs 本身对机体的影响 生理特征、病理外界环境条件下的千差万别 个体识别，疾病易感; 能力; 性格; 喜好 药物治疗; 环境适应 生物进化，民族区分 SNP的特征 1 单核苷酸变异; 2 常见 2 等位基因变化; 3 很稳定, 回复突变极低; 4 普遍存在, 分布广泛, 均匀 5 存在SNP高变区域和热点 6 功能相关, 温和变; 联合作用 7 SNP连锁单倍型, 标签SNP 从HGP 到HapMap HapMap计划通过对亚、非、欧裔共269个个体全基因组中基因组序列上常见的多态位点（SNP）进行筛查和分析，构建出整合了人类遗传多态信息的“单体型图”，将为疾病易感性、药物敏感性和人类进化研究提供最基本的信息与分析工具。 HGP让我们有了认识人类的参考图. HapMap 是我们区别彼此差异的参考图; SNP数量剧增, 150-300-600-1000万; SNP- CNV 如何筛查和检索SNP? SNP的筛查: 人群的基因组测序 24-50-100人 SNP检索与选择: 数据库检索; 根据目标选择 拥有自己的基因组图谱 随着高通量SNP检测技术和DNA测序技术的发展，拥有个人基因组图谱不是梦！ 　 1 全基因组测序全基因组 30亿-1万-1000 USD 2 ＳＮＰ芯片　 　　Affymetrix; Illumina 1000 USD SNPs related databases / (NIEHS SNPs Program) /home_1.cfm?CFID=264728CFTOKEN(SNP500Cancer) /（HapMap project) /SNP (National Center for Biotechnology Information) http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/index.html (SNPs database from Japan) /sci/techresources/Human_Genome/faq/snps.shtml …… SNP selection for Disease-gene Association Studies Approximately 10 million common variants exist in genome Testing all for association is impractical today Can the list be reduced with loss of power? SNPs in Coding (Amino Acid Changes) SNPs in other functional regions, i.e. regulatory elements tagSNPs  SNPs检测方法 1.理想的检测SNPs的方法 ——发现未知的SNPs，或检测已知的SNPs (1) 灵敏度和准确度的要求 (2) 快速、简便、高通量、自动化 (3) 费用低廉 SNPs检测方法：原理区分 基于杂交方法：ASO, 基因芯片，LNA， HRM， 液