疾病来源的iPS多能性差异及其调控的分子机制研究.docVIP

项目名称： 不同组织与疾病来源的iPS多能性差异及其调控的分子机制研究 Miguel Esteban 中国科学院广州生物医药与健康研究院 2011.1至2015.8 中国科学院   三、研究方案 总体思路： 本研究将针对不同来源人iPS细胞的异同这一中心问题，通过全基因组甲基化测序，转录本测序，组蛋白分析等技术，建立其在表观遗传和转录水平的全景数据库，通过分析比较，回答不同来源iPS是否存在差异，这些差异与其来源组织是否有关系，并解释其可能的机理与意义；并关注解决重编程过程中免疫原性变化这一一直以来都被忽视的问题，通过对整个重编程包括诱导和分化过程中免疫原性变化的分析，全面的阐释这一问题，并对其机理进行探索；同时尝试解决疾病iPS临床应用必须解决的突变基因定点修复问题，通过SSO修复和锌指核酸酶技术探索修复?地中海贫血疾病常见突变位点：并结合分析比较的结果，为将来iPS技术临床应用必须解决的两个关键问题，如何安全高效获得iPS和iPS的高效定向分化，结合团队优势，分别探索建立安全高效的人iPS技术和iPS细胞向造血细胞的高效定向分化技术，为最终的临床治疗提供依据。 技术路线： 研究创新性： 1 通过不同来源人iPS表观和转录水平的异同比较课题的开展，将首次利用高通量的测序技术建立不同来源人iPS的表观和转录水平的全景数据库，为整个iPS乃至干细胞领域的研究提供全面的数据参考，同时根据比较分析发现的差异，寻找其产生和调控的机理，将可能为iPS细胞的临床应用提供筛选标准。 2 首次明确提出并证实iPS存在免疫原性并获得其发生的机制。不同组织与疾病来源的iPS细胞在重编程和再分化过程免疫原性全景分析不仅是实现iPS细胞移植安全进入临床治疗阶段所必须解决的重大科学问题，也是目前国内外研究尚未涉及的领域，该方面的研究具有重大的理论创新意义和临床应用价值。此外，基质微环境对iPS细胞在重编程和再分化过程的影响以及免疫原性变化的作用同样是国内外iPS细胞研究尚未涉及的领域，该方面的研究不仅为iPS细胞移植安全进入临床治疗阶段提供新思路和新方法，而且其理论方面的突破必将为肿瘤等重大疾病的发病基质和临床治疗提供新的理论依据。 3 通过对SSO单链寡核苷酸介导的基因修复技术的探索，及分别用SSO修复和锌指核酸酶技术建立?地中海贫血疾病常见突变位点修复技术，首次提出使用安全性高的SSO技术在iPS细胞诱导过程中修复iPS细胞的基因突变，为点突变的遗传疾病治疗提供新的治疗手段；并借助iPS细胞诱导过程中表观遗传学的改变和iPS细胞的干细胞特性提高SSO的修复效率和解决SSO修复细胞后的增殖问题；并为?地中海贫血疾病的iPS临床治疗提供基础。 4 结合iPS细胞临床应用的关键问题：安全获得iPS和高效定向分化，本课题将结合自身在iPS技术方面的优势，改进并突破现有非病毒iPS诱导体系，建立安全高效的人iPS诱导技术；首次通过建立造血报告基因iPS细胞，建立筛选诱导造血分化化合物和支撑细胞，利用全新的体系建立全新人iPS造血分化技术。 研究特色： 国内外对于iPS研究热点领域主要有以下几个方面：对iPS机理的研究，细胞是通过怎样的过程，如何从成体细胞转变为iPS细胞，这其中有哪些关键问题：对于iPS技术改进的研究，包括更高效，更安全的重编程技术：对于iPS应用的研究，主要是利用iPS技术进行疾病模型研究，为将来的临床应用提供基础。而针对不同来源iPS同异和重编程过程中的免疫原性变化研究，这两个临床应用必须回答的问题，国际上并无系统研究的报道，申报团队在国内最早开始iPS研究，并在免疫学和基因定点修复方面有非常强的实力，对此问题的深入研究将取得重要的突破性进展。 在开展不同来源iPS表观和转录水平全景比较分析的同时，我们的研究从免疫学的角度对重编程过程中的免疫原性问题进行探索并建立新的理论体系。一方面按照遗传信息流由DNA-mRNA-蛋白质的顺序，从三个层面来研究表观遗传对iPS细胞免疫原性改变的影响；另一方面根据机体生物行为整体性的特点，从环境的角度研究基质微环境对iPS细胞在重编程和再分化过程的影响以及免疫原性变化的作用，并探索其具体调控机制。 国内外对基因修复的研究也非常广泛，我们将结合自身在SSO技术方面的优势，把iPS细胞作为SSO的修复对象，借助iPS细胞诱导过程中开放的染色质结构等表观遗传学状态的改变提高SSO的修复效率，使iPS细胞中点突变基因得到安全地修复，同时尝试利用国际上近期报道较多的锌指核酸酶技术首次建立?地中海贫血疾病常见突变位点的修复技术。 虽然国内外研究团队对iPS安全性的改进一直在努力，但先有的非病毒诱导体系都存在效率非常低的问题，我们将结合自身在机理研究中的发现，优化组合，建立安全高