一种识别基因调控元件的新型优化算法.pdfVIP

第３０卷第１期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３０Ｎｏ．１ ２０１３年１月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｊａｎ．２０１３ 一种识别基因调控元件的新型优化算法 １，２ １ ２ 刘　维 　陈汉武　陈　肞 １（东南大学计算机科学与工程学院　江苏南京２１１１８９） ２（扬州大学信息工程学院　江苏扬州２２５１２７） 摘　要　　基因调控元件的识别是生物信息学中的重要研究课题之一。目前已有的算法大都存在容易过早陷入局部最优以及时间 复杂度过高等问题。为此，提出一种识别基因调控的新型优化算法ＡＣＲＲ（ａｎｔｃｏｌｏｎｙｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ）。该算法利用蚁群优化 算法能够较快求解复杂优化问题的优越性来解决此问题，不仅提高了解的质量，而且大大地降低了算法的时间复杂度。实验结果表 明，与其他类似算法相比，该算法所得结果的准确性更高，具有更快的识别速度。 关键词　　生物信息学　基因调控元件　蚁群算法 中图分类号　ＴＰ３０１　　　　文献标识码　Ａ　　　　ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００３８６ｘ．２０１３．０１．００５ ＡＮＯＶＥＬＯＰＴＩＭＩＳＡＴＩＯＮＡＬＧＯＲＩＴＨＭＦＯＲＧＥＮＥＲＥＧＵＬＡＴＯＲＡＲＹ ＥＬＥＭＥＮＴＳＲＥＣＯＧＮＩＴＩＯＮ １，２ １ ２ ＬｉｕＷｅｉ　ＣｈｅｎＨａｎｗｕ　ＣｈｅｎＬｉｎｇ １（ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＳｏｕｔｈｅａｓｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１１１８９，Ｊｉａｎｇｓｕ，Ｃｈｉｎａ） ２（ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＹａｎｇｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｙａｎｇｚｈｏｕ２２５１２７，Ｊｉａｎｇｓｕ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　Ｉｔｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｅｓｅａｒｃｈｔｏｐｉｃｓｆｏｒｇｅｎｅｒｅｇｕｌａｔｏｒａｒｙｅｌｅｍｅｎｔｓｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｉｎｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．Ｍｏｓｔｏｆｃｕｒｒｅｎｔ ｒｅｇｕｌａｔｏｒａｒｙｅｌｅｍｅｎｔｓｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎａｌｇｏｒｉｔｈｍｓｈａｖｅｔｈｅｐｒｏｂｌｅｍｓｏｆｅａｓｉｌｙｃｏｎｖｅｒｇｉｎｇｉｎｔｏｐｒｅｍａｔｕｒｅｌｏｃａｌｏｐｔｉｍｕｍａｎｄｈｉｇｈｔｉｍｅｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ． Ｔｈｅｒｅｆｏｒｅ，ｗｅｐｒｏｐｏｓｅａｎｏｖｅｌｏｐｔｉｍｉｓａｔｉｏｎａｌｇｏｒｉｔｈｍｎａｍｅｄＡＣＲＲ（ａｎｔｃｏｌｏｎｙｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ）ｆｏｒｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｅｌｅｍｅｎｔｓｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ． Ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｐｒｅｄｏｍｉｎａｎｃｅｏｆａｎｔｃｏｌｏｎｙａｌｇｏｒｉｔｈｍｉｎｆａｓｔｒｅｓｏｌｖｉｎｇｔｈｅｃｏｍｐｌｉｃａｔｅｄｏｐｔｉｍｉｓａｔｉｏｎ，ｔｈｅＡＣＲＲｃａｎｆｉｎｄｔｈｅｓｏｌｕｔｉｏｎｆｏｒｔｈｉｓ ｐｒｏｂｌｅｍｗｉｔｈｉｍｐｒｏｖｅｄｑｕａｌｉｔｙ，ａｎｄｃａｎａｌｓｏｇｒｅａｔｌｙｒｅｄｕｃｅｔｈｅｔｉｍｅｃｏｍｐｌｉｃｉｔｙｏｆｔｈｅａｌｇｏｒｉｔｈｍ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｔｈａｔｃｏｍｐａｒｅｄｗｉｔｈ ｏｔｈｅｒｓｉｍｉｌａｒａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ，ＡＣＲＲａｃｈｉｅｖｅｓｈｉｇｈｅｒａｃｃｕｒａｃｙｉｎｓｏｌｕｔｉｏｎｓａｎｄｈａｓｆａｓｔｅｒｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎｓｐｅｅｄａｓｗｅｌｌ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　　Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ　Ｇｅｎｅｒｅｇｕｌａｔｏｒａｒｙｅｌｅｍｅｎｔｓ　Ａｎｔｃｏｌｏｎｙａｌｇｏｒｉｔｈｍ