GPU在量子化学计算中的应用和进展.pdfVIP

60 《高性能计算发展与应用》 2010年第四期 总第三十三期 GPU在量子化学计算中的应用和进展 —兼论TeleChem量化软件  于建国 北京师范大学化学学院 北京100875 jianguo_yu@ 摘要： 本文是GPU在量子化学计算中的应用和进展的综述。首先简单介绍了GPU在科学计算中 应用的发展，然后详细讲述了迄今几个使用GPU和CUDA开发工具做出的量化计算方法和算 法，最后对目前唯一的完全使用GPU技术开发的量化计算软件TeraChem做了完备的介绍，包 括算法、实现的细节和程序目前的功能。此外，本文还对GPU在量化计算上将会发挥的作用做 出了极为乐观的展望。 1. 引言 结并展望基于GPU的量化计算和程序的辉煌前景。 量子化学自诞生的第一天起，即依赖于计算。 而由于其所基于的原理（量子力学）和研究对象的 2. GPU在数值计算中的应用 复杂性，量子化学对计算能力有无休止的需求。因 众所周知，GPU（ ） 此计算机软硬件的每一次进步，都能给量子化学的 起先是为计算机的图形显示设计使用的，用于加 进展打下明显的印记。近几十年来，由于计算量子 速在显示器上显示图形元素。为了更好显示3D图 化学家结合计算机技术的飞跃而进行的不懈努力， 形，GPU需要对每个要显示的画面进行大量的浮点 使得量子化学计算飞速发展并逐渐延伸到其它领 运算。GPU的设计是使得巨大数目的并行事件同时 域，如纳米、生物、材料，药物领域，成为这些领 进入GPU的RAM，即相同操作能在GPU的内存不同 域研究的不可或缺的工具。 部分执行。这属于SIMD（单指令多数据， Single 虽然计算机单个CPU运算速度的提升能一定程度 Instruction， Multiple Data）类型。典型的GPU包含许 上满足量化计算的渴求，但CPU速度的提高受制于技 多分列成组的计算单元，每组共享能快速进入的内 术工艺，不能无限提升，不能满足计算化学家的无 存和一个指令单位。这些高度密集的计算单元需要 止境需求。使用多个处理器的并行计算技术的适时 更大的Cache和控制单元。GPU在数值计算中表现出 出现，为量化计算跨入新的高度带来了契机。 的优异性能与已经趋于平缓发展的CPU相比展现出了 并行计算除了对硬件设置有特殊要求外，还 令人耳目一新的表现（见图1）。 需在编制程序时付出额外的努力。由于计算量子化 GPU结构的本身具备进入科学计算的基本需 学家的辛勤劳动，至今大型主流的计算量化软件如 求。最早将GPU用在数值计算中的企图可以追溯到 [1] [2，3] Gaussian、Q-Chem等，都实现了程序的并行化，并 20年前 。尽管之后各种努力和尝试不绝如缕 ， 有极高的效率。但高的计算速度需要许多CPU组合， 但很长时间以来一直没有突破性的进展，原因是缺 这无疑提高了购置计算机硬件的成本。 少对于科学计算编程的有效的工具。当时一般是 适时出现的GPU能大幅提高数值计算的速度， 用特定的汇编语言或图形取向的AP