紧束缚模型方法及其在分子中的应用.pdfVIP

中国科学: 化学 2011 年 第4 1 卷 第4 期: 748 ~ 755 SCIENTIA SINICA Chimica SCIENCE CHINA PRESS 论 文 紧束缚模型方法及其在 分子中 的应用 崔鹏, 张冬菊, 刘永军, 苑世领, 李柏青, 高军, 刘成卜* 山东大学化学与化工学院, 济南 250100 *通讯作者, E-mail: cbliu@ 收稿日期: 2010-12-13; 接受日期: 2011-01-27 doi: 10.1360/032010-959 摘要 近年来, 紧束缚模型方法被广泛应用于计算生物大分子体系. 本文从第一性原理出发, 关键词 根据紧束缚近似的思想, 推导出生物大分子体系中的单电子运动方程. 在此基础上给出了紧束 紧束缚模型 SSH 模型 缚模型方法中所涉及参数(在位能和迁移积分) 的计算公式, 在理论上完善了紧束缚模型方法. 我 在位能 们将所提出的参数化方法应用于理想B 型DNA 分子, 给出了各种序列组合下的在位能和迁移积 迁移积分 分. 此外, 我们还计算了周期性DNA 分子poly(A)-poly(T)和poly(G)-poly(C) 中空穴在位能和迁移 极化子 积分随格点间距离的变化, 为改进现有的SSH 极化子模型提供了新的思路, 有助于DNA 中电荷 输运的极化子机理的研究. 1 引言 紧束缚模型方法是紧束缚方法在简单晶格体系 中的应用. 该模型把晶胞抽象为格点, 每个格点提供 近年来, 紧束缚模型方法被广泛应用于研究 一个电子轨道, 并且仅考虑紧邻格点间的相互作用, [1] DNA 等生物大分子 . 生物大分子包含的原子数目 紧束缚模型哈密顿为: 众多且不具备周期性, 受当前计算条件限制, 从头算    H  c c t c c c c  (1) 量子化学计算方法往往难以处理. 紧束缚模型方法 TB n n n n n,n1 n1 n n n1 通过将生物大分子抽象为格点体系, 每个格点对应 + 式中 和 分别为电子(或空穴) 的湮灭算符和产生算 于生物大分子的一个结构单元, 但只提供一个电子 符,  表示格点在位能, 为格点间电荷迁移积分. 这 轨道, 大幅度地降低了计算需求, 能够简单有效地计 一模型最初用于聚乙炔等导电聚合物分子, 碳原子 算生物大分子的电子结构和电荷输运性质. 被视为格点, 其上的 2pz 轨道为格点轨道, 类似于量 紧束缚模型方法的基础是紧束