AproPhos基于AdaBoost方法的蛋白质磷酸化修饰.pdfVIP

2007年第24卷第7期 微电子学与计算机 AproPhos:基于AdaBoost方法的蛋白质磷酸化修饰 预测系统 蔡津津 ，‘赵杰煌2，王乐琦 ‘ (1中国科学院计算技术研究所，北京1以叉)80;2宁波大学计算机科学技术研究所，浙江宁波3巧211) 摘 要:磷酸化是最重要的蛋白质翻译后修饰之一，随着蛋白质磷酸化修饰数据不断积累，利用已有数据进行蛋 白质磷酸化修饰位点预测的条件日益成熟。利用修饰位点附近氮基酸性质取代氛墓酸种类作为特征，对现有516 种氮基酸性质做了详细分析和筛选，提出了采用AdaBoost方法进行特征选择和分类器训练的磷酸化修饰位点预 测系统A脚Pho，，该系统在特异性高于已有预测系统(约2%)的墓础上，大大提高了预测的灵敏度(约10%)，使磷 酸化位点预测方法用于提高磷酸化蛋白质质谱鉴定效率成为可能，并有发现磷酸化修饰位点氮基酸性质分布的潜 力。 关键词:磷酸化;预测;氮基酸性质;AdaBoost 中图分类号:TP391 文献标识码:A 文章编号:10(X)一l80(2007)07es(X)35刁5 AProPhos:ProteinPhosPhorylationPredictionBasedon AdaB00St CAIJin一in，‘ZHAOJie一扣2，WANG玩一heng， (IlnstituteofCol刀puti飞Technolo盯，ChineseAcade哪ofsci幼ce。，Beijing lo以)80，China; 2InstituteOfComPuterScienceandTechnolOgy，NingboUniversity，Ningbo3152ll，China) Abstrad:Proteinphospho叮lationisoneofthemostimpo山切t卯st一如nslationalmod击cadons (PTMs).Withthe recentincrease inprotein户05户叼Iatedsitesident近ed，insUicop二dictiooOf脚tenti以户ospho叮lationaitesmay facilitatetheident近cationofphospho叮latedprotein.Anew phospho叨atedsitesp二dictionmethodnamedAPoPbos selectionandc】ass击cation.Di月飞rellt from other tofeature 息 usesaminoacidprope币esasfeaturesand即pliesAdaBoost predictionmetlIodswith1owersensilivity.ourmethod劝ows aboutlo% higherseDsitivityowellasa加utZ%肠gher sPec饭city.Soitmayenhancethe成ciencyofphospho砰latedProteinident迅cation衍thtandemmas sspeCtra. Keywords:Phospho班ation;Prediction;a而noacidProPe川es;AdaBoost 1 引言 蛋白质磷酸化是最重要的蛋白质翻译后修饰 之一，它是在蛋白激酶催化作用下，磷酸基团由供 体分子转移到蛋白质的含有经基的氨基酸侧链上 的过程，主要发生在组成蛋白质的20种氨基酸中 的丝氨酸5、苏氨酸T和酪氨酸Y上，这些氨基酸 称为位点，并不是蛋白质上所有位点都会发生磷酸 图1蛋白质磷酸化修饰过程 化修饰，如图1所示。 磷酸化蛋白质组学的重要内容。随着高通量鉴定磷 磷酸化修饰是一个可逆的过程，蛋白质磷酸化 酸化蛋