打分矩阵方法在β-发夹模体识别中的应用研究论文.pdfVIP

生 物 信 息 学 　China Journal of Bioinformatics 　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　研究论文 β 打分矩阵方法在 - 发夹模体识别中的应用 姜雪1 ,2 ,胡秀珍1 ( 1. 内蒙古工业大学理学院,呼和浩特 010051 ;2. 沈阳工业大学辽阳校区基础部 ,辽阳 111003) 摘要 :用打分矩阵的五种算法 ,从蛋白质的氨基酸序列出发 , 以氨基酸为参数,分别对 3088 个同源性小于 40 %的蛋白质和2878 个同源性小于 33 %的蛋白质的 β- 发夹模体片断进行了识别。利用 self - consistency 和 10 - fold cross - validation 两种方法对五 ( ) 种算法进行检验 ,结果表明 ,Claverie 1996 算法相对较好 ,对 3088 个蛋白质的平均识别精度达到了 77. 7 %和 76. 1 % 。 关键词 :β- 发夹模体 ;位置打分矩阵 ;位置打分函数 ( ) 中图分类号:Q61 　　文献标识码 :A 　　文章编号 :1672 - 5565 2008 - 04 - 156 - 04 β The Recognition of - Hairpin Motifs in the Protein : Approached by Scoring Matrix 1 ,2 1 J IANG Xue ,HU Xiu - zhen ( ) 1. College of Sciences , Inner Mongolia University of Technology , Hohhot 010051 , P. R . C ( ) 2 . department of basic , Shen Yang University of Technology liaoyang campus , Liaoyang 111003 , P. R . C Abstract :Based on amino acid sequences of the 3088 protein chains with identity 40 % and 2878 protein chains with identity 33 % , re spectively , by using of the 5 kinds scoring matrix for predicting a - hairpin motif is proposed with parameter by amino acid in the self - consis tency and 10 - fold cross - validation. Predictive