NAMD GPU 及MIC 加速部件下性能测试及分析.pdfVIP

高性能计算技术 13 NAMD GPU及MIC加速部件下性能测试及分析  张丹丹 上海超级计算中心 上海201203 ddzhang@ssc.net.cn 摘要： 文中对分子动力学计算软件NAMD在加速部件NVIDIA GPGPU和 Intel®Xeon®Phi™上的 性能进行了测试及分析，并与Intel SandyBridge处理器下性能进行了对比。结果发现，在混合加 速部件模式下，NAMD可获得2倍以上加速；CPU+K20m混合架构相比CPU+MICs能获得更好 性能；Xeon®Phi™集群模式下每节点8个进程可获得更好性能。 关键字：加速部件，GPU，Xeon Phi，NAMD 1.引言 测试采用的NAMD版本为NAMD_CVS-2013-08- [3] 加速部件计算是HPC的革新，混合加速部件的 26_Source.tar.gz，该版本支持GPU CUDA架构及Intel 系统，能提供更好性能和更高能效比。加速部件系 MIC架构的加速部件。该版本对MIC支持的正式版本 统也是目前大规模HPC系统和领先高性能计算的主要 尚未发布，还存在着一些已知的问题，如2个进程运 形式。 行时提示负载不均衡导致程序中断而退出。 [1] 测试对比CPU平台为2路 NAMD为分子化学领域的科研人员提供各类规 模的分子模拟。NAMD采用经验力场，通过数值求解 2.7GHz处理器。测试硬件对比平台特征见表1，服务 运动方程计算原子轨迹，预测生物分子的动力学行 器配置见表2。服务器名称分别为LCNode01及KNC- 为和重要性质。同时，NAMD加载charm++并行软件 01、KNC-02，前者安装的操作系统为SLES 11 x86_64 中的运行库，利用分子之间相对独立的微粒特性， SP2，后面的2台服务器安装的操作系统为RHEL 6.2 将任务并行分配到集群中。 x86_64。KNC-01和KNC-02两台服务器支持Infiniband 分子动力学计算包括了计算每个时间步所有 网，采用QLogic 4X QDR。 原子间力、演化及迁移，利用这个力更新原子的 NAMD测试中还用到其他并行库及数学库软 位置和速度。这个迁移过程相对力的计算来说花的 件，相关软件版本为charm-6.5.1.tar， 时间较少，而且是局部的计算。分子间力的计算 64.tar.gz；其他软件包 ， 可广泛地分成2类：成键作用力和非成键作用力计 。 算，非成键作用力的计算时间占据整个计算时间的 测试使用的实验分子为血脂蛋白（ApoA1），具 [2] 体蛋白质结构参数配置为原子数92,224个，分子键数 80%~95%。 NAMD已可运行于大规模计算集群系统，随着加 量为70,660个，键角个数为74,136个，OutEnergys设 速部件技术在大规模计算集群中的应用，NAMD也相 置为600。 继提供了支持NVIDIA 及 GPGPUIntel®Xeon®Phi™的 版本，将计算密集部分-原子间非成键作用力计算移 2.2测试方法 植到加速部件上完成。文中选取当前最新的加速部 测试基于Intel C++编译器，编译charm++多核 件，测试NAMD的性能表现。后续章节安排如下，第 版本，而后修改相应配置文件构建NAMD2可执行