白额纵沟纽虫Lineus alborostratus Takakura的线粒体基因组.pdfVIP

第42卷第6期 中国海洋大学学报 UNIVERSITY()FCHINA 2012年6月 PERIODICALOF0CEAN JurL，2012 alborostratus 白额纵沟纽虫(Lineus 线粒体基因组‘ +徐冬丽，陈海霞，时 伟，孙世春” (中国海洋大学海洋乍物多样性与进化研究所．山东青岛266003) 摘要：通过PCR扩增、测序获得自额纵沟纽虫线粒体基冈组全序列并进行了生物信息学分析。自额纵沟纽虫线粒体 基因组全长15 AT偏向性，蛋白质编码基因偏好使用寓含T的密码子。蛋白质编码基因的起始密码子均为ATG，终止密码子多为TAA 在其他纽虫所报道的特殊茎环结构，但在had4基因上发现有37bp的发卡结构。白额纵沟纽虫的基因排列、起始密码子、 tRNA反密码子与Lineuaviridis完全一致，两者rrnL和非编码区长度差别较大，前者具有较少核亡i：酸插入。 关键词：纽形动物门；白额纵沟纽虫；线粒体基因组；密码子使用；tRNA二级结构 中图法分类号：Q95a 文献标志码：A 文章编号： 1672—5174(2012)06—085—08 动物线粒体基因组通常为闭合的双链环形DNA 白额纵沟纽虫标本采自青岛薛家岛，使用D6032- 分子，结构简单、母系遗传，基因成分相对稳定，被广泛 应用于系统发育与进化研究[1。2]。迄今，GenBank中公存。实验中所用DNA来自同一个体。 布了2200多种后牛动物线粒体全基因组序列。在已 1．2DNA扩增和测序 记录的约1275种一3J纽虫中，仅有Cephalothrix E“、Lineusviridis[53和ParanemertesrrnL hongkongiensis 3个DNA片段，然后依据得到的序列设计特异性 cf．peregrina[6]3种完成了线粒体基因组全序列测序。 引物继续扩增，引物序列见表1。PCR反应扩增体系 另外，Turbeville和Smith[73报道了Cephalothrix 为：模板总DNA kb的线粒体DNA连续片段， rufifrons长度为10．1 Mix 1“L，HSlMReaction12．5肚L，TaqDNA酶(2．5 Chenet sp．的线粒体DNA a1．L6一测得了Cephalothrix 大部分序列(有一段预测长度约500bp的非编码区未 参数为：95℃预变性5min，然后95℃变性30S，48～ 测出)。纽形动物线粒体基因组研究在确定纽形动物 54℃退火50s，72℃延伸2min。循环35次，最后72℃ 门在后生动物中的系统地位方面已经取得了有益结果 延伸10min。扩增的DNA片段用凝胶回收试剂盒 (相关研究普遍支持纽形动物属于真体腔冠轮动物I∞一 photrochozoa)[4-5．7]，但现有的数据远不能满足纽形动 隆，产物以ABI3730测序仪测序(北京华大基因)。 物门子类群的系统发育分析。白额纵沟纽虫(Lineus 1．3序列拼接、分析 ⅡZborostratus Takakura，1898)(无针纲Anopla：异纽 Code