基因表达谱数据的多分类问题研究.pdfVIP

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福州大学学报(自然科学版) V01.36 第36卷增刊 Supp. 2Q鳗生2旦 』2竺旦型堕!竺墅竺型巫!!堡i!z(塑呈坐!堂坠i!竺皇2 墨望:呈嫂墨 基因表达谱数据的多分类问题研究 王伟,罗林开 (厦门大学自动化系,福建厦门361005) 摘要:针对基因表达谱微阵列的数据多分类问题,给出一种在多病类情况下的基于信噪比和相关性的特征基 因选择方法.该方法一次性考虑基因区分所有病类的能力,尽量避免基因的冗余性;其次利用支持向量机,构 建了基因表达谱微阵列数据的多分类器;最后通过实验表明了本方法的有效性. 关键词:基因选择;相关性;信噪比;支持向量机 中图分类号:TP311.13 文献标识码:A Theresearchofmulti—classbased data problemgeneexpressionprofile WANGWei.LUOLin—kai of (DepartmentAutomation,Xiamen 361005,China) University,Xiamen,Fujian atthemulti—classof a Abstract:Aiming gene data,thisproposes problem expressionprofile paper tlle selecfionmethodbasedonS2Nandcorrelationfor diseases.Thismethodtakesclas. gene multiple sifieationabilitiesof to allthediseasesintoconsiderationatatimeandtriestoavoidre. genesseparate inselected constructmulti—classifierof dataU· dundancy genes.Secondly.we geneexpressionprofile do this resultofwhichshows effectivenessof singSVM.Finally,weexperimentby method,the great themethod. vectormachine Keywords:geneselection;correlation;S2N;support 1 引言 DNA微阵列技术为生物医学带来了一场变革.微阵列的应用,使得生物学家可以大规模并行提取 DNA或RNA信息,从而能够在基因组水平上以系统的、全局的观念去研究生命现象.通过对不同部位、 不同阶段的基因表达对比,正常和疾病状态下的基因表达对比,可从分子水平上进行疾病的诊断、分类及 治疗等.通过微阵列实验,得到的是包含成千上万个基因的表达数据一基因表达谱.基因表达谱数据通常 具有数据量大、维数高、样本小、非线性的特点…,这对

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