猪圆环病毒同义密码子的使用模式及其影响因素.pdfVIP

安徽农业科学，JournalofAuhuiAgri．Sci．2013，41(1)：149—151 责任编辑 陈玉敏 责任校对 卢瑶 猪 圆环病毒 同义密码子的使用模式及其影响因素 牟一娇 ，吴润 ，王永录 (I．_I=1肃．农业大学动物医学院，甘肃兰卅i730o70；2．中国农业科学院兰州兽医研究所，家畜疫病病原生物 学国家重点实验室，国家u蹄疫参考实验室，甘肃兰州 730046) 摘要 [目的]揭示猪圆环病毒 (PCV)基 因组的进化特点和遗传 多样性。[方法j通过计算PCV基因组的相对 同义密码子使用频率 (RSCU)、有效密码子数 目(ENC)和核苷酸含量等指标，对PCV基因组的密码予使用模式进行 了综合分析 [结果]PCV基 因组具有较 低 的GC含量和低的密码子偏好性 ，不同基因型的PCV在密码子使用上具有显著差异 ，并且PCV与圆环病毒科 中的其他病毒的密码子 使用模式也存在差异。PCV与其宿主的密码子使用模式存在一定程度的相似性。此外，地理 因素、蛋白质总的平均疏水性和芳香性等 可能与PcV的密码子使用模式的形成有关。[结论]PCV基因组的密码子使用模式的形成是突变压力与 自然选择相互作用的结果 该 研究对阐明PCV的密码子使用规律 以及分子进化过程提供 了最新的信息 关键词 猪圆环病毒 ；密码子使用模式；突变压力；自然选择 中图分类号 S858．28 文献标识码 A 文章编号 0517—661l(2013)01—00149—03 Patternsand InfluencingFactorsofSynonymousCodon UsageinPorcineCircovirus MoUYi-jiaoetal (CollegeofAnimalMedicine，GansuAgriculturalUniversity，Lanzhou，Gansu730070) Abstract jObjectiveJ revealthenlolecularevolutionandgeneticdiversityofPorcineCircovirus(PCV)． 『Method]Comprehensiveanaly— sisoneodnnusagepatterninthePCVgenomewascarriedoutbycalculatingrelativesynonymouseodonusage(RSCU)，effectivenumberof eudm,s(ENC)，dinucleotidesandnucleicacidcontentofthelJCVgenome． 『JtesuhiPCVgenomeshaverelativelylowercontentofGCand codonpreference．CodonusagepatternsofPCV ofvariousgenotypeschangedgreatlyandsignificantdifferencesincodonusagepatternsofeach virusofCireoviridae．Thereismuehcomparability})etweenPCV an(Iits}lostintheirsynonymouseodonusage．Furthermore．geographicfac． tors，thegeneralaveragehydroplmbicityandthearonlatieitynlayberelatedtotheformationofeodonusagepatternsofPCV．[Conclusion] SynonymouscodonusagepatternofPCVgenomemaybefiwn,edasuresultofinteractionbetweenmutationpressureandnaturalselection．The informationfrOInthisstudynlaynotonlyllavetheoreticalvalueinunderstandingthecharacteristicsofsynonynlouscodonusageinPCV ge— nonles．butalsohavesignificantvalueforthemolecularevo]utionofPCV． Keywords PI)reinecircovirus：Codon usage：Mutationpressure：Naturalselection 在蛋白质的合成过