在发育性变化相关基因表达特性检测中内参基因的有效性和实时定量PCR解析方法的适用性.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2013 年，第32卷，第2期，第216-226 页 GenomicsandAppliedBiology,2013,Vol.32,No.2,216-226 技术主题 TechnologyFeature 在发育性变化相关基因表达特性检测中内参基因的有效性和实时定量 PCR 解析方法的适用性 胡艳 宋迟 徐文娟 章双杰 李慧芳* 江苏省家禽科学研究所,江苏省家禽遗传育种重点实验室,扬州,225003 *通讯作者,lhfxf_002@ 摘 要 实时定量PCR技术(quantitativereal-timePCRassay,rtQ-PCR)是一种快速检测核酸水平的方法。在 多数相对定量法的运用过程中，会同时引入内参基因用以校正由于采样和操作误差所带来的样本之间核酸 总量的差别。一个理想的内参基因的表达水平必须维持恒定或至少不受实际试验条件和机体发育变化的影 响。由于作为候选内参基因的看家基因也可能会随着试验条件改变呈现出发育性变化和/ 或差异表达，故在 相关研究中，内参基因的选择就成为试验的关键和难点。本研究采用rtQ-PCR 技术，以鸭胚胎期和出雏早期 肝脏中 - mRNA表达的发育性变化检测为例，探讨涉及发育性变化的基因表达解析过程中内参基因 IGF 玉 的选择，并评估绝对和相对定量两种解析方法的适用性。我们认为涉及发育性变化的基因表达解析过程中内 - Ct 驻 参基因的选择时，采用2 法对内参基因的有效性进行的组间评价，比Genorm等方法对内参基因的有效性 进行的整体评价更为科学；涉及发育性变化的基因表达解析过程中，如果难以找到一个理想的内参基因时， 绝对rtQ-PCR 解析方法将比随意选取一种内参基因作为内标的相对rtQ-PCR 解析方法更为简单和适用，结 果的解析也更为直观和可靠。 关键词 基因表达, 内参基因有效性,实时定量PCR适用性, 鸭 ValidityofReferenceGenesandSuitabilityofQuantitativeReal-timePCR AnalyticalAssaysinDetectionofDevelopmentalChangeofGenemRNA ExpressionCharacterization HuYan SongChi XuWenjuan ZhangShuangjie LiHuifang* KeyLaboratoryofPoultryHeredityBreeding,JiangsuInstituteofPoultryScience,Yangzhou,225003 *Correspondingauthor,lhfxf_002@ DOI:10.3969/gab.032.000216 Abstract Quantitativereal-timePCRassay(rtQ-PCR)isarapidmethodforquantitationofnucleicacid.Inmost relativequantitationassays,referencegeneswouldbesimultaneouslyappliedtocompensateforthevariationsof thetotalnucleicacidamongsamplesduetovariationinsamplingandprocessing.Ideally,areferencegeneshould be expressed at a constant level or at least be unaffected by the actual experimental conditions and body development.However,theexpressionofthehousekeepinggenesasreferencecandidatesmaypresentdevelop- mentaland/ordifferentialexpressionbytheactualexperimentalconditions,whichleadtothecriticalanddifficult choice ofreference genes in these studies. The present studyhad initiated upon the developmental change of hepatic - mRNAexpressioncharacterizationthroughthertQ-