湖北海棠DNA的CTAB改良法提取及其SSR反应体系优化.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2013 年，第32卷，第2 期，第227-231 页 GenomicsandAppliedBiology,2013,Vol.32,No.2,227-231 技术主题 TechnologyFeature 湖北海棠DNA 的CTAB 改良法提取及其SSR反应体系优化 吴瑞姣 刘连芬 丁方兵 陈琳琳 钱关泽* 聊城大学生命科学学院,聊城,252059 *通讯作者,qianguanze@lcu.edu.cn 摘 要 为了利用分子标记技术研究湖北海棠的起源、系统发育和分类问题，本研究对湖北海棠及其近缘 种叶DNA 的CTAB 提取法进行改良，并对SSR体系优化。结果表明，将EDTA 用量从20mmol/L 提高到 80mmol/L，加大PVP和RNA 酶的用量，有助于提高从湖北海棠叶中提取的DNA 质量；利用反复实验优化 的SSR体系，可从40 对引物中筛选出 18对多态性好、条带清晰的湖北海棠SSR 引物。本研究筛选出的多 态引物，将为探讨湖北海棠的起源、进化和遗传变异等提供基础资料。 关键词 湖北海棠,基因组DNA,SSR, 引物筛选 The DNA Extraction with Modified CTAB Method and SSR Reaction SystemOptimizationofMalushupehensis (Pamp.)Rehd. WuRuijiao LiuLianfen DingFangbin ChenLinlin QianGuanze* CollegeofLifeScience,LiaochengUniversity,Liaocheng,252059 *Correspondingauthor,qianguanze@lcu.edu.cn DOI:10.3969/gab.032.000227 Abstract Inordertostudytheorigin,systematicdevelopmentandthetaxonomicproblemsof M.hupehensis, the CTAB extraction methods for DNA of M. hupehensis and several related species were improved in this paperandtheSSRsystemhasbeenoptimized.TheresultsshowedthatitishelpfultoimprovetheDNAquality whichwasextractedfromleavesof M.hupehensis byincreasingtheconcentrationofEDTAfrom20mmol/Lto 80 mmol/L, the amount of PVP and RNA enzyme. Through the optimal SSR system, 18 primers with high polymorphismwereselectedfrom40primers.Thesepolymorphicprimerswillprovidethebasicinformationfor theorigin,evolution,andgeneticvariationofM.hupehensis. Keywords M.hupehensis,GenomicDNA,SSR,Primersscreening 湖北海棠(Malushupehensis (Pamp.)Rehd.)是蔷 分子生物学技术等被视为解决这类问题的重要辅 薇科(Rosaceae)苹果属(Malus)植物，具有无融合生 助手段。 殖能力，是典型的异源三倍体(Sampson,1969; 梁国 目前较为成熟的分子标记技术中，SSR(simple 鲁和李晓林,1993)，是重要的花木资源和苹果砧木 sequencerepeats, 简单重复序列即微卫星DNA)呈共 资源。由于湖北海棠在我国分布比较广，且由于分 显性标记(Mooreetal.,1991)，它具有比其它分子标 布区域相邻物种的不同，存在着自然杂交、反复杂 记(如RAPD,RFLP,AFLP, 等位酶等)更多的可检测 交、回交等现象，因此湖北海棠的遗传信息变得非 等位基因位点，能够提供更细致的基因变化分析范 常复杂，杂交后代形态上和生理特性都有非常大的 围，所以SSR分子标记法是研究植物遗传多态性及 变异性。单纯应用表征性状进行经典分类学分析已 杂交起源的理想方法，适用于属以下级别分类群，目 经很难解决这些分类问题，所以，现代实