SSR标记在水稻研究中的应用概况.pdfVIP

安徽农学通报 ，AnhuiAgri．Sci．Bul1．2010，16(23) 39 SSR标记在水稻研究中的应用概况 霍雨艳 田志宏 (长江大学生命科学学院，湖北荆州 434025) 摘 要：综述 了SSR标记的原理、特点和分布，以及在水稻分子生物学和遗传育种中的应用，并对 SSR标记技术在水 稻研究中的应用前景进行 了展望。 关键词：SSR标记；水稻；遗传育种；分子生物学 中图分类号 $511 文献标识码 A 文章编号 1007—7731(2010)23—39一o4 Research Overview onApplicationofSSR M arkersinRice HuoYuyan eta1． (SchoolofLifeSciences，YangtzeUniversity，Jingzhou434025，China) Abstract：Theprinciple ，characteristicsanddistributionofSSRmrakers，werereviewedinthispaper，aswellastheappli— cationinmolecularbiologyandgeneticsbreeding．AndtheapplicationprospectofSSRmrakertechnoloyg intheresearchof ricewasalsodiscussed． Keywords：SSRmarkers；Rice；Molecularbioloyg ；Geneticsandbreeding 简单序列重复(SimpleSequenceRepeats，SSR)又称微 组中最丰富的SSR是 (GA)n和 (GT)n，在长389Mb的水 卫星DNA标记 (MicrosatelliteDNAs)一般是指基因组中存 稻基因组中，这2类简单重复序列的总和约为2600 。水 在的由2～6个核苷酸为重复单位组成的长达几十个核苷 稻中最丰富的三核苷酸是 (CGG)n，并随机分布于基 因 酸的串联重复序列 ，在基 因组 中平均分布 ，因其两端多为 组中，水稻中所有三核苷酸重复单位总和为2700，而整个 相对保守的单拷 贝序列 ，通过设计 引物便可以进行 PCR 水稻基因组中的四核苷酸 (GATA)n只有270个 。在水 扩增 ，进行多态性检测 。微卫星 DNA是 Miesdeld等人在 稻基因组中含有丰富的SSR位点，分布较均匀 ，而且在不 人类基因组文库中首先发现 ，Litt和 Luty扩增到 了人类基 同品种间多态性 比较丰富。通过扫描水稻基因组文库 ，估 因组微卫星序列，并把这种序列正式定义为微卫星。 计水稻大约有 400000个 SSR 。 目前 已开发出近3000对 1 SSR标记原理和特点及其分布 SSR引物 ，平均每 157kb就有 1个 SSR 。 。 1．1 SSR标记的原理 尽管微卫星 DNA分布于整个基 2 SSR标记在水稻研究中的应用 因组 的不同位置上 ，但其两端的序列多是相对保守的单拷 由于 SSR标记随机分布于整个水稻基因组 ，而且是一 贝序列。根据微卫星DNA两端的单拷贝序列设计一对特 种共显性标记 ，所以被广泛应用于水稻分子生物学和遗传 异引物 ，利用PCR技术扩增每个位点的微卫星序列 ，通过 育种研究中。SSR标记在水稻分子生物学研究中主要用 电泳分析核心序列的长度多态性。同一类微卫星 DNA序 于遗传图谱的构建和基因定位 ，在水稻遗传育种中主要应 列可分布于整个基因组的不同位置上 ，通过重复次数的不 用于水稻种质资源的评估利用、品种鉴定、遗传多样性及 同以及重复程度的不完全造成每个座位 的多态性。SSR QTL分析 、分子标记辅助选择育种及预测杂种优势等几个 标记 的多态性丰