PCR-DGGE技术在水牛瘤胃产甲烷菌多样性分析中的应用.pdfVIP

南方农业学报 2011，42(9)：1144—1147 JournalofSouthernAgriculture http：／／www． nfnyxb．COITI PCR—DGGE技术在水牛瘤胃产甲烷菌 多样性分析中的应用 刘园园，一，姜伟伟 ，秦红玉 ，张 卉s，王士长 · (广西大学动物科学技术学院，南宁 530005； 河北省科学院生物研究所，石家庄 050051 河南黄淮学院，河南驻马店 4630O0) 摘要：【目的】分析水牛瘤胃产甲烷菌的多样性 ，为更好地了解水牛瘤胃产甲烷菌提供科学依据。 【方法 】采集l6 头广西本地沼泽型水牛瘤 胃内容物，提取~,DNA，利用产甲烷菌的通用引物扩增 16SrRNA基因序列进行DGGE分 析 ，并对DGGE凝胶上7条优势条带进行回收克隆测序。【结果 】共获得9条序Yg(5条为古菌序列、4条为非古菌序列)，5 条古菌序列中有3条与甲烷短杆菌(Methanobrevibaeter)的同源性高达99％、1条与甲烷短杆菌的同源性达98％、l条与 广古菌门(Euryarehaeota)热原体 目(Thermoplasmatales)的同源性达98％；而4条非古菌序列分别属于拟杆菌(Bac— teroidetes)、厚壁菌(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)，且彼此间同源性较小。【结论】通过PCR—DGGE技术可以较 好地分析水牛瘤 胃产甲烷菌的多样性。 关键词：水牛；瘤 胃；产甲烷菌；PCR—DGGE；多样性分析 ． 中图分类号：$823．83 文献标识码：A 文章编号：2095—1191(2011)09—1144—04 D一i●versi-ty anal’ysi-sornrum en m eth’anoRensi●n …bullal’osUSI●ng PCR-DGGE technique LIUYuan-yuan ，JIANGWei—wei，QINHong—yu，ZHANGHui，WANGShi—chang (CollegeofAnimalScienceandTechnology，GuangxiUniversity，Nanning530005，China；BioloygResearchInstitute， HebeiAcademyofSciences，Shijiazhuang050051，China；HuanghumCollege，Zhumadian，Henan463000，China) Abstract：【0bjeetive】Thepresentexperimentwasconductedtoanalyzethediversityoflumenmethanogensinbuffa— los．【Method】TherllmeYlcontentswerecollectedfrom sixteenlocalswampbuffaloinGuangxitoextractthetotalDNA． andthe16SrRNA genesequenceswereamplifiedandanalyzedusinguniversalprimersandDGGE technique．Theobtained 7dominantbandsinDGGEgelwereclonedandsequenced．【Result】Aftercloning，ninesequenceswereobtained，of which5werearchaeaand4werenot．Threesequencesamongst5arehaeashowed99％ homolog~withMethanobrevibacter． and onesequenceshowed98％ ofhomologywithMethanobrevi