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肠道微生物菌型的发现：已知和未知的信息 S. Dusko Ehrlich 人的一生始终与微生物相伴。存在于我们身体表面和腔窦上的微生物数 目远远超过我们自身拥有的细胞数目，而它们携带的基因数目也远远超过我们自 身拥有的基因数目。这个复杂、活跃的微生物群对人类健康及疾病有巨大的影响 。认识这个活跃的、多元化的群体是人类生物学的一个新课题，这不仅需要人类 基因组的知识，还需要掌握人类微生物宏基因组的知识。 为了应对这项挑战，人类肠道宏基因组（MetaHIT）计划设计了一种 我们称之为量化宏基因组学的方法，示意图见图1。其关键是建立人类肠道细菌 基因的参考目录。我们已经建立了一个含330万人类肠道细菌基因的目录，它们 很大程度上代表了我们在欧洲、美国和日本的研究中发现的基因，我们把它叫做 “人类的另一基因组”[1]。对粪便样本中的全部DNA进行大通量测序的技术， 让我们能够进行大量的基因比对及基因计数，从而可以确定目录基因在每个人体 内出现和富集的情况（基因富集谱）。我们可以利用这些基因谱对个体进行分类 ，分析它们对人体健康影响的共性和差异，从而为日后制定相应的诊断方法构筑 基础。 集中研究已测序基因组（而非基因）的量化宏基因组学发现，在不同个 体中存在特别的微生物种群，我们称之为肠道微生物菌型[2]。我们报道了3种分 别以拟杆菌（绿色）、普氏菌属（红色）和瘤胃球菌属（蓝色）基因主导的肠道 微生物菌型，目前，关于这些肠道微生物菌型的数目、形态及组成仍有争论，因 为有些研究能够复制我们的发现[3、4]，有些研究则报道只发现了两种肠道微生 物菌型[5]。 收集及处理样本 高通量测序 与参考目录比对 生物学研究 诊断应用 反映基因富集的 6千万个短序列基因 将短序基因与目 录基因比对， 进行基因计数 代谢重建 进行统计学分析， 粪便样本 全部DNA 并用于诊断 基因富集谱 生态系统重建 参考基因目录 遗传变异 图1. 量化宏基因组学示意图 参考文献 1 Qin J, Li R, Raes J, et al: A human gut microbial gene catalogue established by metage- nomic sequencing. Nature 2010;464:59–65. 2 Arumugam M, Raes J, Pelletier E, et al: Enterotypes of the human gut microbiome. Nature 2011;473:174–180. 3 Qin J, Li Y, Cai Z, et al: A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature 2012;490:55–60. 4 Zupancic ML, Cantarel BL, Liu Z, et al: Analysis of the gut microbiota in the old order Amish and its relation to the metabolic syndrome. PLo