OBOParser,一个基于语义网的开放生物学本体解析器.pdfVIP

2010年8月 湖北第二师范学院学报 Aug．02 10 第27卷第8期 JournalofHubeiUniversityofEducation V01．27 No．8 OBOParser，一个基于语义网的开放生物学本体解析器 许庆炜 (湖北第二师范学院计算机学院，武汉430205) 摘 要：本文以OBO组织帝】定的规范为对象，开发了一个基于语义网技术的OBO本体解析器——_()BOParser。该工具实 现了OBO格式与RDWOWL格式问的平滑转换，可以为生命科学不同研究领域的工作人员提供跨学科的语义查询和推 理服务。 关键词：OBO；RDWOWL；语义网 中图分类号：Q811．4 文献标识码：A 文章编号：1674．344X(2010)8-0080-04 作者简介：许庆炜(1976一)，男，湖北十堰人，讲师，博士，研究方向为生物信息系、数据仓库、数据挖掘。 1 引言 各自研究领域发挥着重要的作用。 生物学本体对两个方向起到了促进作用：一是，它 OBO组织维护的生物学本体具有如下共同特征： 为生物学家提供一个共享的辞典 ，从而消除领域分歧 (1)本体必须是开放的，使用上不能有任何的限制。 增进交流，实现跨领域的整合和数据的检索；二是，它 来源必须是公认的，且同一术语不能被改变和重新划 为使用计算机来进行数据的检索、推理和挖掘提供了 分。(2)本体拥有通用的共享语法，遵从OBO制定的 更加强大的支持。作为当前生命科学本体研究领域的 规范，便于实现跨领域间本体融合。(3)本体间关系 权威机构，开放的生物医学本体组织(OpenBiomedical 是正交的，即允许两个来 自不同本体模型的术语通过 Ontology，OBO)通过提供统一的生物数据描述规范，为 额外的关系合并起来，用以描述同样的生物学或医学 实现跨生物和医学研究领域间的语义整合提供了坚实 实体的补充特征。(4)本体共享唯一的标识空间，通 的基础。 过使用不同的前缀加以区分。(5)本体中包含对每个 本课题以OBO组织制定的规范 (htt-p：／／www．ge— 术语的文字定义，通过上下文环境分析，以期实现无歧 neontoloyg．org／GO．format．obo一1．2．shtm1)为对象，讨 义的理解和分析。 论它在语义表达方面的优势和不足。在此基础上，我 针对以上特征，许多组织开发了基于OBO格式规 们开发了一个基于语义网技术 的 OBO本体解析 范的语义查询和推理系统。OBO—Edit5【是一个基于 器一 OBOParser。该工具实现了OBO格式与 RDF／ Java的开源的OBO本体编辑器，他以图形化方式为用 OWL格式间的平滑转换，以期借助其各 自特点，为生 户提供了一个显示和编辑OBO本体的界面，并在此基 命科学不同研究领域的工作人员提供强大的语义查询 础上提供简单而快速的推理服务。Obolt6]定义了一种 和推理服务。 通用的GO和OBO术语命名的语言标准，能够被用于 2 国内外研究进展 猜测 GO和OBOtern~的标准化定义，同时推断被忽 开放的生物医学本体(OBO)跨越了基因组学、蛋 略的关系定义。Obol项 目在词汇层面上将GO和 白质组学、生物化学、解剖学等多个不同的生物和医学 OBO术语分解为标准的定义，能够提供简单的推理， 研究领域。…在 OBO组织中包含了以下几个相关项 并支持在 GO和 OBO本体上 “方言”的查询。此外， 目：基因本体 (GeneOntoloyg，CO)聆用于描述与基因 DAG—Edit7【】、COBRAIs]本体编辑器，以及下一代基因 和蛋白质在细胞中扮演角色有关的生物学知识。基因 本体项目(GONG)J也都提供了对OBO规范