基于元素和化学键的快速计算分子体积和表面积的方法.pdfVIP

第 30 卷 第 7 期 计算机与应用化学 Vol.30, No.7 2013 年 7 月 28 日 Computers and Applied Chemistry July 28, 2013 基于元素和化学键的快速计算分子体积和表面积的方法 * 赵亚军，司继林，夏力，项曙光 (青岛科技大学炼油化工高新技术研究所，山东，青岛，266042) 摘要：为了快速准确的计算分子的体积和表面积参数，将构成分子的元素和化学键作为贡献单元，基于分子的体积和表面积由 相应的元素和化学键的体积和表面积加和得到的思想，提出了估算化合物分子体积和表面积的元素和化学键贡献法。元素视作 球体，其体积和表面积由 van der Waals 半径计算得到，在 1412 种有机物分子体积和表面积数据的基础上，回归得到化学键对 分子体积和表面积的贡献值。结果表明，元素和化学键贡献法计算的分子体积和表面积的平均相对误差分别为 2.02 % 、2.84 % ， 不同化合物类型的平均相对误差均小于 5 % 。与其它分子体积和表面积方法相比较，本方法更简单、快速、准确，应用范围更 广。 关键词：分子体积；分子表面积；元素；化学键 中图分类号：TQ031.1 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2013)07-739-742 DOI: 10.11719/com.app.che 1 引言 元素和化学键贡献法已经成功地应用于化合物的正常沸 [13-15] 点、临界性质等基础物性的估算 。 化合物的分子体积和表面积是分子结构和物化性质 根据这一理论，本文考虑了元素和相邻元素的相互 的基本物性之一，被广泛的应用于理化性质和生物活性 作用(化学键)对分子体积的贡献，提出将元素和化学键作 [1] 的研究中，例如，用于有机化合物蒸汽压的QSPR研究 , 为基本贡献单位来估算分子体积和表面积的方法。 计算有机化合物的质子化常数[2] 、有机物在水中的电离常 2.2 元素和化学键的划分 [3] [4] 数 ，考察渗透剂稳定蛋白质的能力 等。另外，分子体 本方法把元素和化学键作为基本贡献单位，将元素 积和表面积在化工热力学也有应用，如著名的UNIQUAC 分为 C、H 、O、N 、S、F 、Cl、Br 、I 、Si、P ；将化学 [5] 模型 。 键分成环状和非环状两大类，再根据每一化学键两端所