两种恒河猴肠道腺病毒基因型分型方法的比较分析.pdfVIP

Vo1．22No．12June2011 ItAINANMEDICALJOURNAL 海《南医学}2011年第22卷第12期 · 论 著 · 两种恒河猴肠道腺病毒基因型分型方法的比较分析 卢建溪 ，钱师宇。，王 强 ，‘阳 莉t，李 刚 。 (1．中山大学附属第三医院疫苗研究所，广东 广州 510630； 2．暨南大学医学院，广东 广州 510632； 3．中山大学附属第三医院感染科，广东 广州 510630) 摘【要】 目的 通过对两种肠道腺病毒基因型分型方法进行比较，以寻找出简便快速的肠道腺病毒基因型 分型方法。方法 采集57例圈养的恒河猴粪便样本，方法一：将粪便悬液过滤上清感染BSC—l细胞，提取病变 细胞的基因组DNA进行PCR扩增，然后克隆、测序，确定病毒基因型；方法二：从粪便悬液过滤上清中直接提取 基因组DNA进行巢式PCR扩增 ，对PCR阳性者进行克隆、测序以及基因型分型。结果 57份样本中，两种方法 均有12份样本检出腺病毒，阳性率为21．1％(12／57)。系统进化分析显示，两种方法检出的腺病毒型别一致。提 示这些序列主要可分为两大组：类SAdV-6组(2个非重复序列)和类sAd 7组(9个非重复序列)。此外，有三个 克隆，其最相似序列分别为：SAdV-1、SAdV-3和HAdV-52。结论 虽然两种方法的敏感性、特异性一样，但方 法二是直接提取粪便悬液过滤上清基因组DNA进行巢式PCR扩增，而无需方法一进行3次体外细胞感染实验后 从病变细胞中提取基因组DNA进行PCR扩增，节省了实验的时间及成本，特别是避免了体外细胞感染过程中可 能出现的污染 ，因此值得推荐。 【关键词】恒河猴；猴子腺病毒；基因型 【中图分类号】R-332 【文献标识码】A 【文章编号】2011)12— 015—O5 Ananalysisoftwointestinaladenovirusgenot~rpingmethodsinrhesusmacaques．LUJian-xi,QIANShi--yu, WANGQiang,et VaccineResearchInstitute，theThirdHospitalAffiliatedtoSunYat-senUniverstiy,Guangzhou 510630,GuangdongCHINA A【bstract】 ObjectiveTosearchandclassifygenotypingmethodofgastrointestinaladneovirusesconvenient- lyandquickly．M ethods Stoolsampleswerecollectedfrom acolony ofcaptivelybredrhesusmacaquesandtwo mehtodswereusedtofigureouthtepresencenadgenotypesofadenovirus．Mehtod1：Stoolsma plesweresuspended inHerpesbuffernadfiltered．ThefiltrationwasusedtoinfectBSC—Icel1．GenomicDNA wasexrtactedfrom htein- fectedcellsandusedasPCR template，andhtePCR positiverfagmentswereclonedforsequencingandphylogenetic na alyses；mehtod2：DNA extracteddirectlyrfom fecalsma pleswasusedashtetemplateofrnestedPCR．Th ePCR