苹果EST中微卫星分析.pdfVIP

第 27卷 Vo1．27， ．弩 J fG惫gAg． Bi。。i 20D0e8c年．，12200月8 文章编号：1008—3464 (2008)04—0378—03 苹果 EST中微卫星分析 张俊娥 (江西师范大学 生命科学学院，江西 南 昌330022) 摘要：利用MISA (microsatellite)软件分析了简单重复序列 (simplesequencerepeats，SSRs)在苹果 EST中的分布频率与密度 。结果表 明，在 263820条 EST序列 中，共获得 160686条 SSR序列，SSRs之间 的距离约为 0．79kb。其中，六碱基重复丰度最大，占57．2 ，而单碱基、三碱基、二碱基、四碱基和五 碱基重复丰度分别为 14．5 ，13．1 ，10．1 ，4．1 和 1．0 。在单碱基、二碱基、三碱基和 四碱基 重复模体 中，丰度最大的分别是 A／T，AG，AAG和 AAAG，而 CG在编码 区内丰度很低。用 CAP3软件 进行冗余分析表明，在这六种类型的重复模体 中，冗余与非冗余的苹果 EST之 问没有显著差异，表 明可从 现有 的ESTs数据 中方便地获取有效的苹果微卫星标记 。 关键词 ：EST；微卫星 ；SSR；苹果 中图分类号 ：$661．1 文献标识码 ：A Analysisofmicrosatellitesderivedfrom appleESTs zHANGJun—e (CollegeofLifeScience，JiangxiNormalUniversity，Nanchang330022，China) Abstract：Simplesequencerepeats (SSRs) ofappleexpressed sequencetags (EST) inpublic databasewereinvestigatedbyusing computerprogram M ISA (micr0satellite)． Up to 160686SSRs werefoundin263820sequencesandtheaveragedistancebetweenSSRswasapproximately0．79kb． Amongthem，hexanucleotiderepeats (57．2 )werethemostabundance，whilethemonomerie， trimeric，dimeric，tetramericandpentamericrepeatswererepresented in decreasingproportionsof 14．595／，13．1 ，10．1 ，4．1 and1．0A0，respectively．ThemostabundantmotifswereA／T， AG，AAG and AAAG in monomeric， dimeric， trimeric and tetrameric repeats， respectively． W hereasCG rich repeatswererarelyfound inthecodingregions．Theredundancyanalysisindicated thatno significantdifferenceswereobservedbetween theredundantandnon—redundantsetofapple ESTs in individualSSR motifs．Furthermore， the availability ofmicrosatellite markers can be expectedtoenhancethepowerandresolutionofgenomeanalysisinapple． Keywords：EST ；microsatellites；SSR ；apple 微卫星或简单重复序列 (simplesequencerepeats，SSRs)是指短序列核苷酸 (1～6个碱基)重 复形成