基于近似约简的基因选择方法.pdfVIP

第23卷第 1期 江苏科技大学学报(自然科学版) Vo1．23No．1 2009年 2月 JournalofJiangsuUniversityofScienceandTechnology(NaturalScienceEdition) Feb．2009 基于近似约简的基因选择方法 祁云嵩 ，孙怀江 ，宋余庆 ，谢 (1．南京理工大学 计算机科学与技术学院，江苏 南京 210094) (2．江苏科技大学 计算机科学与工程学院，江苏镇江212003) 摘 要 ：为了对癌症等疾病分型、诊断及进行病理学研究 ，利用基因微阵列数据识别疾病相关基因．考虑到了基因微阵列数 据是典型的矛盾决策系统，在证明矛盾系统在近似分布集上是协调的这一事实的基础上提出了一套近似分布约简理论 ，讨 论了不同近似分布集上约简之间的关系，提出了基于近似约简的基因选择方法．使用两组真实的基因表达数据对所提出的 方法进行了验证．实验结果表明，该方法能在保持分类能力的情况下降低特征基因集的相关性，从而显著地减少特征基因 的数量． 关键词 ：基因微阵列；基因选择；序值决策系统 中图分类号 ：TP391 文献标志码 ：A 文章编号 ：1673—4807(2009)01—0056—05 A geneselectionmethodbasedonapproximatereduction QiYunsong ，SunHuaijiang，SongYuqing，XieJun (1．SchoolofComputerScienceandTechnology，NanjingUniversityofScienceandTechnology，NanjingJiangsu210094，China) (2．SchoolofComputerScienceandEngineering，JiangsuUniversityofSciencenadTechnoloyg，ZhenjiangJiangsu212003，China) 军 Abstract：Toidentifydiseaserelatedgenesfromgeneexpressionprofiles(DNAmicroarray)hasaveryimportant practicalsignificancefordisease，suchascancer，subtypediscovery ，diagnosisandpathologystudy．Geneselec— tion isacriticalpreprocessingtechniqueofrtheDNA microarraydataanalysis．Genesetsofinteresttypicallyse— lectedbyusualrankingmethodsfrom DNA microarraydatawillcontainmanyhighlycorrelatedgenesandremain highdimension．ThinkingofthatDNA microarraydatasetsaretypicalinconsistentdecision system，withintro— ductionoftheconceptofthatainconsistentdecision system isconsistentaccordingtoitsapproximatedistribu— tion，asetofnotionsofapproximatedistributionreductareproposed．Afterdiscussedtherelationsbetweenthe lowerandupperapproximationreductsofainconsistentdecisionsystem，ageneselectionmethodbasedonap— proximatedistributereductisobtained．TheexperimentalresultsontwopubliclyavailableDNA microarraydata— sets，lungcancerandNCI60(9