结构基因组学研究与核磁共振.pdfVIP

2001;28 (6) 生物化学与生物物理进展 Prog.Biochem.Biophys. 927 结构基因组学研究与核磁共振 刘东升 王金凤 ‘ t中国科学院生物物理研究所.生物大分子国家重点实验室，北京10010幼 摘要 各种生物的基因组DNA测序计划的完成，将结构生物学带人了结构基因组学时代 结构基因组学是对所 有基因组产物结构的系统性测定，它运用高通量的选择、表达、纯化以及结构侧定和计算分析手段，为基因组 的每个蛋白质产物提供实验测定的结构或较好的理论模型，这将加速生命科学各个领域的研究 生物信息学、 基因工程、结构侧定技术等的发展为结构基因组学研究提供了保证 近年来核磁共振在技术方法上的进展，使 其成为结构基因组学高通量结构分析中的一个关键方法 关健词 结构基因组学，基因组，蛋白质家族，三维结构，核磁共振 学科分类号Q71 八 随着人类基因组计划初步研究结果的发 寻找蛋 白质的功能，正逐渐成为一个有效的方 表11,21，基因组测序工作已经接近尾声，生命科学 法习，而且，由于 “功能”定义的复杂性和不确 正进人一个崭新的时代，即 “后基因组时代”，此 定性，使用三维结构进行基因组注释虽然并不完 时，研究的重点变为解读人类30亿个碱基对排列 美，但至少比功能注释要确定和简单，因此三维结 顺序所代表的含义，这其中的一个重要问题是要研 构可能为后基因组时代基因组作 “最终” (final) 究它们的表达产物— 蛋白质的结构和功能，结构 注释闭 基因组学应运而生了. 随着人类基因组计划和其他物种基因测序的顺 结构基因组学是解决全部基因组产物 (包括蛋 利实施，产生了大量核酸和蛋白质序列.人类基因 白质和RNA，鉴于目前进展，本文主要指蛋白质) 组计划初步结果表明，编码人类蛋白质的基因为3 的三维结构的新兴前沿学科，它综合运用生物信息 _4万t一‘，远低于以前普遍预计的数目.基因数 学、基因工程、X射线晶体学和核磁共振 (NMR) 目少，蛋白质的功能并不会因此而简单.只有透彻 波谱学等的知识，在实测有限蛋白质结构的基础 地阐明蛋白质的结构和功能，才能解释人类生命现 上，通过结构预测阐明基因组中全部蛋白质的三维 象为何如此复杂.截至 2001年 2月，PDB 结构，从此三维结构出发，寻找蛋白质的功能线 (ProteinDataBank)发布的蛋白质三维结构为1.4 索.随着若干个初步研究计划的顺利实施，由美、 万，它们分别属于一千多个蛋白质家族，因此已知 日等9个国家的科研机构组成的 “国际结构基因组 三维结构的蛋白质在整体中只占很少的一部分.如 学科学联合研究体”也已经成立，这标志着以多学 何快速、大量获得这些基因组蛋白质的三维结构、 科、高通量、新技术、高速度为特征的结构基因组 功能的信息，是摆在人们面前的重要任务 学研究已进人了崭新的阶段. 利用已知的同源蛋白质三维结构数据，由结构 预测方法对未知结构蛋白质进行建模，给出较为精 1 结构基因组学概况 确的结果，是大规模获得三维结构的捷径.当未知 1.1 结构基因组学的研究目标 结构蛋白质与已知结构蛋白质的序列相似性超过 在传统结构生物学研究中，三维结构往往是生 30%时，由结构预测方法建立的蛋白质三维结构模 物大分子功能探索中的 终“结者”— 对一种蛋白 型已可以用于一般性的功能分析[51.这样，有选 择地实验测定 10000-20000个靶蛋白质的结构， 质的功能进行透彻研究后，三维结构的研究便理所