生物信息学基础课件-转录调控的信息学分析.pptVIP

BIOINFORMATIC ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL REGULATION第 一 节 引 言 1 、基因转录调节的基本模式二、 基因转录调节机制的研究方法实验方法:荧光素酶报告基因(luciferase report gene)凝胶迁移(electrophoreticmobility shift assays)染色质免疫沉淀(chromosome immunopreciation,ChIP)DNase 足迹法(DNase footprinting) 信息学分析第 二 节 转录调控的高通量实验测定 一、ChIP技术创立者:上世纪八十年代末,Alexander Varshavsky等人基本实验过程:甲醛交联,稳定蛋白质-DNA复合物裂解细胞,分离蛋白质-DNA复合物加入特异性抗体,沉淀蛋白质- DNA复合物去交联,纯化DNA应用PCR技术,特异性扩增目的DNA片段特点: 针对某一特定候选转录因子,是否特异性结合于所调节的靶基 因某一预定区域内,如启动子区,进行检测。对同一DNA底物, 可以运用多种不同的抗体, 分别进行免疫共 沉淀,以确定多种结合蛋白在同一染色质片段上的结合。 Cross-link whole cells with formaldehyde Region Isolate sequencing sequenced genomic ChIP- seq DNA Sonicate DNA to produce sheared, soluble chromtin Add protein- specific antibody Amplify DNA and Label Immunoprecipitate ChIP- chip and purify Hybridize to imminocomplexes arrays Reverse cross-links and purify DNA PCR Target gene Negative control ChIP- PCR No DNA Input DNA IgG Sp1 c-Jun c-Fos二、ChIP-chip技术创立者: 2000年,Richard A. Young等人特点:ChIP和芯片技术的联合运用 全基因组范围内的定位分析 靶基因群的高通量分析 不足之处: 成本较高结果分析的标准化尚待完善分辨率较低,大于200 bp基因芯片是 “封闭系统”, 只能检测已知序列 三、ChIP-seq技术创立者: 2007年,Steven J.M. Jones等人率先提出的特点: 染色质免疫沉淀后的DNA,直接进行高通量测序。是一个“开放系统”。它可以检测更小的结合区段、未知的结合 位点、结合位点内的突变情况和蛋白亲合力较低的区段。? 成本低,周期短,省去了标记和杂交等步骤,并且勿需多次重 复实验,极大提高了工作效率。分辨率可提高到30-50bp。 第 三 节 转录因子结合位点的信息学预测方法一、转录因子结合位点的的表示方法 (一)共有序列(consensus sequence) (二)位置频率矩阵(position frequency matrix) (三)序列标识图(sequence logo) 一、转录因子结合位点的的表示方法 (一)共有序列(consensus sequence)将能与同一个转录因子结合的所有DNA 片段按照对应位置进 行排列,在每个位置上选择最可能出现的碱基,就组成了该 转录因子结合位点的共有序列。共有序列中用A、C、G、T 之外的字母来表示结合位点中各个 位置上可能出现的碱基组合,这些字母称为IUPAC 简并码。共有序列的表示方法简明易懂,却不能够反映每个位置上不 同碱基出现的概率。 一、转录因子结合位点的的表示方法 IUPAC简并码 IUPAC code Nucleotide IUPAC code Nucleotide W A or T B C, G or T R A or G D A, G or T K G or T H A , C or T S C or G V A, C or G Y C or T N A, C, G or T M A or C一、转录因子结合位点的的表示方法 (二)位置频率矩阵位置频率矩阵可以反映出每个位置上不同碱基出现的概率。该模型的一个前提假设是各个位置上碱基出现的概率相互独立。矩阵每一列表示模体相应位置上四种碱基出现的概率。对于长度为 n的模体,碱基i iA, C, G, T在模体第j 个位置上出现的 频率为q i ,j,则整个模体用矩阵M表示如下: 一、转录因子结合位点的的表示方法 (三)序列标识图序列标识图依次绘出模体中各个位置上出现的碱基,每个位置 上所有碱基的高度和