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RGA (REPRESSOR of ga1-3)基因序列与结构分析
及抗体制备初步设计
张 帅
摘要：生物信息学的发展对分子水平的研究提供了新的研究思路和强有力的工
具，以 RGA (REPRESSOR of ga1-3)为代表研究拟南芥GRAS家族，通过对其基因
序列和结构分析，推测其生物功能作用机制。同时用生物信息学方法的分析初步
设计抗体制备方案，生物信息对课题的进一步开展和新问题的发现有着重要的作
用和指导意义。
关键词：基因序列分析 结构分析 生物信息学
GRAS 家族迄今至少发现有 38 个成员，在拟南芥中包括约 19 种。它们 N 端
多变保守性不高，但C端却高度保守，存在5个显著的motif。我的课题是对 GRAS
蛋白家族中一个亚家族DELLA中的5个基因的研究，即 GAI（GA INSENSITIVE）,
RGA (REPRESSOR of ga1-3), RGL1（RGA-LIKE 1） ， RGL2（RGA-LIKE 2）,
RGL3(RGA-LIKE3),因其在 N 端也有着很好的保守性，存在 DELLA 和 VHYNP 两个
motif，故得名。除了 RGL3 ，另外四个基因在GA信号转导途径中都作为负调控
因子介导蛋白降解，同时参与调控其他重要的发育过程，如种子的萌发、茎的伸
长、光调控和开花等等。这里我以 RGA 为例，通过对生物信息工具的应用来更
好的了解它及其蛋白，为后其抗体制备及后续试验工作提供参考平台。
I. 序列分析
A. 兴趣基因基本信息统计如下：
Location Accession Length(bp) CDS Protein ID Length(aa)
number
RGA At2g01570 NM_126218.2 2302 207..1970 NP_178266 587
GAI At1g14920 NM_101361.2 2139 189..1790 NP_172945 533
RGL1 At1g66350 NM_105306.2 1848 133..1668 NP_176809 511
RGL2 At3g03450 NM_111216.2 2070 128..1771 NP_186995 547
RGL3 At5g17490 AK117226.1 2032 191..1762 BAC41902 523
RGA GenBank 登记号 NM_126218.2 ，NCBI 获得序列信息如下：
Arabidopsis thaliana gibberellin response modulator (RGA1)
/gibberellin-responsive modulator (At2g01570) mRNA, complete cds
ATGAATGATGATTGAAGTGGTAGTAGCAGTGAAAAACAAAAGCAATCCAATCCCAAACCCATTTGCTCTTAAGATTCTT
CACATAGAGAAGTCACATGTTCCTTCTTCTTCTTCCTTCATCATCCCCAAACACACACAAACTAAAAAAAAGGCAAAAC
CCTAGATCCAAGATCAGACCTAATCTAATCGAAACTCATAGCTGAAAAATGAAGAGAGATCATCACCAATTCCAAGGTC
GATTGTCCAACCACGGGACTTCTTCTTCATCATCATCAATCTCTAAAGATAAGATGATGATGGTGAAAAAAGAAGAAGA
CGGTGGAGGTAACATGGACGACGAGCTTCTCGCTGTTTTAGGTTACAAAGTTAGGTCATCGGAGATGGCGGAGGTTGCT
TTGAAACTCGAACAATTAGAGACGATGATGAGTAATGTTCAAGAAGATGGTTTATCTCATCTCGCGACGGATACTGTTC
ATTATAATCCGTCGGAGCTTTATTCTTGGCTTGATAATATGCTCTCTGAGCTTAATCCTCCTCCTCTTCCGGCGAGTTC
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