基于全基因组关联分析的基因(环境)交互作用统计学方法进展.pdfVIP

706 [文章编号]1000-2200(2008)06-0706．．04 ·校庆约稿· 基于全基因组关联分析的基因(环境)交互作用统计学方法进展 吴学森 [关键词]统计学；基因型；流行病学方法；综述 [中国图书资料分类法分类号]R 343．1 [文献标识码]A 195．4；Q diseases)的发生与发展并互作用的最基本的方法之一，群体病例对照研究、病例父母 一般说来，复杂疾病(complex 不能完全由遗传变异来解释，而应该理解为遗传变异和环境 亲对照研究、病例同胞对照研究、队列研究设计类型的资料 因素共同作用的结果；每个基因与疾病之间可能只存在弱关 均可用叉生分析方法分析基因与环境之间的交互作用。 联，并不存在主基因效应，这种弱效应更容易受到外部环境 I．1 又生分析表l所示的2×4叉生分析是基因与环境 的影响；如果忽略了基因与环境之间的交互作用(包括基因 因素相互作用研究中的基本研究单元，它表示基因(G)、环 一基因、基因一环境的交互作用)，就无法真实、准确地描述 境因素(E)均为二分类变量而组成的4种可能的组合表。 遗传变异的效应，也就出现了对同一种疾病易感位点的研 同时暴露于两因素相对于同时不暴露于两因素的危险性(比 究．在不同的研究者之间产生相互矛盾结果的现象H’21。虽 值比，OR)记为OR。(简记为A)；单独暴露于基因或环境因 然人们已逐渐认识到研究基因一基因、基因一环境间交互作 素的危险性分别记为OR。、OR。(分别简记为曰、C)；两因素均 用对准确把握复杂疾病的发生与运行机制十分有益¨。J，正 未暴露的病例和对照组作为共同参比组，OR=I。 如Hunter【6’指出的那样，研究基因一基因、基因一环境交互 x4叉生分析 裹1 基因(G)与环境因素(E)因素作用的2 作用对研究复杂疾病的遗传效应至关重要：(1)能增强统计 遗传学检测方法的检验功效；(2)能更准确地估计影响复杂 疾病的群体遗传效应和环境效应；(3)能更好地揭示复杂疾 病的机制，并解释环境暴露是怎样影响到生物通路的功能； (4)通过揭示环境因素的改变如何影响到生物通路的反应， 可为疾病的预防和治疗提供全新的策略。 近年来，在研究基因之间、基因与环境因子之间的统计 交互作用的方法学上进展很快。从研究设计类型上看，能够 用于统计交互作用的设计类型有：(1)队列研究；(2)无关个 表中基因与环境联合作用的效应不仅包括两者分别作 unrelated 体病例对照研究(case．controlusing contr01)，包括成 用的效应，还可能包括基因与环境作用的叠加，也可能呈现 组设计的病例对照研究和配比病例对照研究、两阶段病例对 基因与环境作用的相乘效应。通过不同的模型，可以判别基 c8,8e．contr01)等；(3)有关个体病例对照研 照研究(t3^ro．stage 于不同模型的两因素问交互作用是否存在及其大小。 related 究(Case．control contr01)，包括病例父母亲对照研 using 那么在叉生分析中，交互作用又是怎样被度量呢?由于 sib· 究、病例同胞对照研究、扩展同胞对照研究(extended 交互作用的存在与否，与所选择的模型密切相关