基于性质的同系物分子结构相似性.pdfVIP

基于性质的同系物分子结构相似性 1 2 2 1 周新奇 ，姜海兵 ，余藜 ，梁逸曾 1 中南大学化学化工学院，长沙，410083 2 龙岗区大鹏龙旗湾生态产业园资福药业有限公司，深圳，518120 E-mail ：zhouxinqi2000@163.com 摘 要：提出了一种基于性质的同系物结构相似性度量的概念和方法。认为同一套同系物分 子针对于具体的不同的物化性质，其结构之间的相似程度是不相同的。 关键词：同系物，相似性，结构，性质 简介： “物以类聚，人以群分”，化学家们认为结构相似的化合物具有相近的性质。这种想法促 使人们从许多方面努力发掘化合物结构的相似性，以期待找到化合物的某种相近的性质，从 而应用到实际中。最为有力的和广泛的证据是新药的开发和研制过程中采用了很多分子相似 性的思想。 1 分子相似性： 按照分子的结构确定分子相似性，可以分为 2D分子相似性和 3D分子相似性。2D分子 相似性中有基于fingerprint分子相似性度量方法[1][3] ，MCS （maximum common substructure ） 分子相似性度量方法[2,5]，MOS （maximum overlap substructure ）分子相似性度量方法，1980 年Carbo提出表示分子电子密度分布类似性的模拟参数后，由Hodgkin和Richards发展为电势 能相似的定性的指标。为了评价电子密度与电势能的相似性，Meyer和Richards吸取了表示 分子形状相似性的定量法，提出了形态模拟参数[4] 。3D分子形状相似性度量方法，分子能量 场相似性度量方法等等。目前度量分子相似性公式，Peter Willettb在这里已经做过多次综述， 具体的内容见参考文献 1 中的表 1。 2 提出根据同系化合物的性质和结构单元两方面来描述分子相似性的背景： 目前来说，还没有提出过同系物的分子相似的问题，根据以往的分子相似性的度量的方 法，得出的结果是，同系物中具有少的结构单元的化合物与具有较多的结构单元的化合物的 相似程度非常低，因此我们想把同系物的性质与结构综合起来考察它们的相似性问题。 在蒋明谦先生发现同系物的线性关系以来，众多的学者在同系物的线性关系上做了大量 的研究，提出了好几种不同形式的结构性质关系模型。例如由针对加和型性质的线性模型， 有针对结构型和凝聚型性质的对数模型和指数模型，总的说来这些模型为我们的研究准备了 -1- 条件：它们指出了化合物的性质与结构单元之间存在着良好的关系。 Table 1: formulae for homologous compounds to calculate their property . P is the index of property , n is the structure units of homologous compounds, and the other parameters are constant 计算公式 参考文献 计算公式 参考文献 P a +b(1/ 2)(2 / n) [ 11] (a +a n +a n2 ) P 0 1 2 2 [ 10]