水稻和拟南芥全基因组Xa21基因家族蛋白结构分析.pdfVIP

摘要 近年来，随着多种生物的基因组计划的实施，使核酸和蛋白质等生物大分子的序 列、结构等方面的数据迅速增长．与此同时，以计算机技术和网络技术为代表的信息科 学也得以迅猛发展，二者的交叉学科一一生物信息学应运而生，它利用数据库和软件技 术对大量积累的生物大分子序列数据进行比较和统计学分析，推导出序列同源性，揭示 出生物大分子的分子结构、功能和进化的关系。 水稻作为重要粮食作物与禾本科模式植物系统，其基因组学研究一直受到各国科学 家的重视。随着水稻基因组的测序完成，为模式生物比较基因组学研究的快速发展创造 了条件。水稻．黝J基因编码蛋白为受体类激酶蛋白，其结构分为3大区域，N端和富亮 重要部分，与Xa21的抗性表达有关。屁刀基因是目前所克隆的唯一具有广谱抗性的水稻 抗白叶枯病基因，深入研究它的结构、功能以及进化无论是对植物抗病性基础理论的发 展还是对水稻抗病育种均存在重要的指导意义。 本研究基于水稻与拟南芥全基因组测序数据，利用生物信息学分析方法与技术，对 重要的抗性基因家族)(a21基因家族在两个模式生物问进行比较基因组学研究，明确水稻 与拟南芥基因组中该类基因的数量、结构和编码氨基酸序列特征，以期为阐明基因家族 的起源、功能进化问题以及为新基因的克隆提供参考。 Markov Local SearchT001)和HMM(Hidden 我们采用BLAST(Basic Alignment Model)分析，对NCBI数据库中水稻和拟南芥两个基因组全部注释基因进行搜索比对， ％水稻和20％拟南芥Xa21基因在基因组中集结成簇，最大的基因簇包含4个基因，大 多数基因簇成员在进化树中组成同一分枝，暗示可能发生的基因近期复制事件。基因结 构分析显示，少量的Xa21基因存在交替剪接位点，水稻和拟南芥分别为3个和4个。 序列结构分析表明，两个基因家族的STK结构域的保守性强于LRR区域。多序列联配 守序列区域．而LILRs数目在基因家族内部呈现较强变异性，其中，拟南芥Xa21基因 Ⅲ 基因家族的STK结构域进行进化分析表明，大部分水稻的$TK蛋白和拟南芥$TK蛋白 在进化树上位于共同分枝上，暗示这些基因起源于共同的祖先：而一小部分水稻Xa21 基因的$TK蛋白则形成单独分枝，暗示这些基因与拟南芥亲缘关系较远，可能为水稻 所特有。 sativa 关键词：水稻COryzaL．japonica)；拟南芥(Arabidopsis 家族；比较基因组学；进化 IV Inrecent and蹦nlctI鹏dataofnucleicacidand has years．numeroussequence proteingot rapid with of species beencarriedout．Thishas developmentgenomeprojectsmany having ledtothe ofa fieldofsciencetermed developmentbroadening bioinfornmtics，which biology and itsmostbasic information form,bioinformaticsbe technologyconverge．In