出入境人群HIV-1型env+C2-V3区段基因序列分析和亚型研究.docVIP

１１２  中国艾滋病性病２００８年４月第１４卷第２期  Ｃｈｉｎ  Ｊ  ＡＩＤＳ ＳＴＤ  Ｖ０１．１４  Ｎｏ．２ Ａｐｒ．２００８  行第二轮ＰＣＲ扩增，反应条件参见文献［１］，ＰＣＲ扩  增电泳结果见图１。 表１所用引物的名称、序列和位置  图１  ｅｎｖ区基因ＰＣＲ扩增结果 １．２．３ ＰＣＲ扩增产物的纯化 将上述第二轮ＰＣＲ 产物经２％琼脂糖凝胶电泳，与标志物比较鉴定无误  ２  结果 后，切下特异扩增带，用ＱＩＡＧＥＮ公司的ＱＩＡｑｕｉｃｋ 纯化试剂盒纯化扩增ＨＩＶ．１核酸片段。回收的ＤＮＡ 本研究共收集ＨＩＶ阳性者标本５１例，提取前病 毒ＤＮＡ，使用不同的引物进行套式ＰＣＲ扩增，ｅｔ／ｖ 溶于５０／Ａ的１０ｍ ｍｏｌ／Ｌ ＴｒｉｓＣＩ（ｐＨ８．５），经１％琼脂 基因阳性２０例，包括Ｂ亚型７例，ＣＲＦ０２．ＡＧ３例，Ｃ 糖凝胶电泳后与ＤＮＡ标准品比较，估算核酸浓度。 亚型３例，ＣＲＦ０１一ＡＥ ２例，Ａ亚型２例，Ｂ７、ＣＲＦ０７． １．２．４核苷酸序列测定 分别以套式ＰＣＲ第二轮 ＢＣ和ＣＲＦ０８．ＢＣ亚型各１例。扩增率为３９．２％。 上游引物序列为测序引物，以提纯的ＰＣＲ产物为模 ２．１核酸序列基因离散率分析 经ＧＣＧ程序与美 板，用ＡＢＩ公司的ＢＩＧ—ＤＹＥ荧光标记末端终止物循 环测序试剂盒，在ＰＥ公司９