一种基于高密度遗传标记的亲子鉴定方法及其应用.pdfVIP

Hereditas (Beijing) 2014 年8 月, 36(8): 835 ―841 技术与方法 一种基于高密度遗传标记的亲子鉴定方法及其应用 1 1 1 1 1 1 2 2 1 张哲 ，罗元宇 ，李晴晴 ，贺金龙 ，高宁 ，张豪 ，丁向东 ，张勤 ，李加琪 1. 华南农业大学动物科学学院，国家生猪种业工程中心，广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室，广州 5 10642 ； 2. 中国农业大学动物科学学院，北京 100193 摘要:系谱是人类遗传及动植物育种研究与实践的重要信息来源之一。系谱记录错误是育种生产中普遍存在的 一种记录错误，影响基因定位、遗传值及表型值预测等相关研究结果的可靠性。现有的方法软件可以利用遗传 标记信息对疑似亲子进行亲子鉴定，但这些软件方法操作复杂，限制标记数量，如 Cervus 。针对当前高密度 SNP 标记在人类及动植物研究中广泛应用的现状，文章提出了一种基于全基因组高密度 SNP 数据的亲子鉴定 新方法，命名为EasyPC 。对EasyPC 及 Cervus 的运行效率进行了对比，并用中国荷斯坦牛(n ＝2180)和杜洛克 猪(n ＝191) 的全基因组SNP 芯片数据对EasyPC 进行了验证。结果表明：EasyPC 运行效率高于Cervus ，牛和猪 群体系谱错误率分别为20%和6% ，与相关研究报道相符。通过使用全基因组SNP 标记对群体孟德尔错误率的 经验分布进行分析，该方法不仅可以简单、快速、准确地判别系谱的正确性，而且还可以对错误系谱进行校正。 EasyPC 为解决全基因组研究中基因型及系谱数据前处理过程中的系谱校正问题提供了一种新的途径。 关键词:亲子鉴定；系谱校正；遗传标记；孟德尔错误；动物育种 Developing and applying of a parentage identification approach based on high density genetic markers 1 1 1 1 1 1 Zhe Zhang , Yuanyu Luo , Qingqing Li , Jinlong He , Ning Gao , Hao Zhang , 2 2 1 Xiangdong Ding , Qin Zhang , Jiaqi Li 1. National Engineering Research Center for Breeding Swine Industry , Guangdong Provincial Key Lab of Agro-Animal Genomics and Molecular Breeding, College of Animal Science , South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China; 2. College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing 100193, China Abstract: Pedigree is an important information source in the studies on human genetics and animal/plant breed- ing. Pedigree error is a common data error in breeding practice. It can affect the reliability of results from researches such as gene mapping, genetic or phenotypic value prediction. By using genetic ma