毛白杨S-腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的克隆、表达及SNP关联分析.pdfVIP

第 49卷 第 11期 林 业 科 学 Vo1．49．No．11 2013年 11月 SCIENTIA SILVAE SINICAE Nov．，2013 doi：10．11707／j．1001-7488 毛 白杨 S一腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的 克隆、表达及 SNP关联分析水 巩琛锐 王 璐 杜庆章 张德强 (北京林业大学 林木花卉遗传育种教育部重点实验室 林木育种国家工程实验室 北京 100083) 摘 要： 组合运用分子生物学及生物信息学方法，首次从毛 白杨成熟木质部中分离出编码 s一腺苷高半胱氨酸 水解酶基 因PtSAHHA的cDNA克隆。序列分析表明，毛 白杨 PtSAHHAcDNA片段全长为 1935bp，其 内部含有大小 为 1458bp的完整开放阅读框架 ，可编码含有 485个氨基酸残基的蛋 白质 。组织特异性 Reahime·PCR结果显示 ， PtSAHHA在木质部中表达丰度最高，在形成层和老叶中表达丰度中等，在嫩叶中表达丰度最低。在此基础上，组合 利用 MAGE5．0和DnaSP5软件对毛白杨 自然群体中45株基因型个体 的PtSAHHA序列进行对 比和分析 ，共检测到 166 个单核苷酸多态性(SNP)位点，SNP频率为 1／15bp，多样性指数仃为0．01058。在外显子区域共检测到88个 SNP位 点，其 中同义突变位点 34个 ，错义突变位点 53个及 1个无义突变位点；同义突变 的核苷酸多样性 仃 ……。= 0．02491，是非同义突变核苷酸多样性 丌 。………=0．00233的 10倍 ，推测毛 白杨 PtSAHHA基 因编码 区在毛 白杨 物种演化过程中受到较强的纯化选择压力。对 P￡sAHHA基 因内的SNPs连锁不平衡分析结果表 明，随着核苷酸序 列长度增加至 800bp，即r0．I，SNPs的连锁不平衡水平已衰退至不 明显 。在此基础上 ，在 由426株毛 白杨基 因 型个体组成 的关联作 图群体 内，对频率大于 10％的42个常见 SNP标记位点与6个木材品质性状进行关联分析 ，检 测到 3个 SNP标记与 3个表型性状显著关联。研究结果为基于分子标记 的毛 白杨优 良木材 品质性状定 向辅助育 种提供理论依据。 关键词 ： 毛 白杨；S一腺苷高半胱氨酸水解酶；单核苷酸多态性；连锁不平衡；木材品质性状 中图分类号：s718．46 文献标识码 ：A 文章编号：1001—7488(2013)11—0067—10 Isolation，Expression，andAssociation GeneticsoftheS-Adenosyl-L-Homocysteine HydrolaseGeneA (PtsAHHA、)inPopulustomentosa GongChenrui WangLu DuQingzhang ZhangDeqiang (1．KeyLaboratoryofGeneticsandBreedinginForestTreesandOrnamentalPlantsofMinistryofEducation NationalEngineeringLaboratoryforTreeBreeding BeijingForestryUniversity Beijing100083) Abstract： In thisstudy，afull-length cDNA cloneencodingPtSAHHA wasisolated from the cDNA libraryprepared rfom maturexylem zoneofPopulustomentosabythebioinformatiesandmolecularbiology．ThePtSAHHA cDNA had1935 bplengthwithacorres