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第一届上海生物芯片与消化道肿瘤研究论坛 生物芯片在食管癌研究中的应用进展 施瑞华朱宏部恒骏 南京医科大学第一附属医院消化内科210029 生物芯片上海国家工程研究中心201203 食管癌是严重危害我国人民生活健康的恶性肿瘤之一。在食管癌的分子病理学、分子治疗学研究中，生 物芯片以其样品检测分析过程高通量、连续化、集成化、微型化、自动化等优势得到了广泛应用。 基因芯片在食管癌基因表达谱研究中的应用 近年基因芯片的应用研究发现了大量食管癌相关基因，Hu[11等应用含588个人类基因片段的基因检 测芯片，检测食管鳞癌细胞株的基因表达，并与该细胞株宿主的正常食管上皮组织作为对照，结果发现52个 上调基因和8个下调基因，其mRNA水平均出现2倍以上的变化。其中部分差异性表达基因应用半定量 关基因Id一1和CDC25B的蛋白水平进行检测，发现这四种基因在食管鳞癌细胞株、食管鳞癌组织中表达 明显增加，并且和肿瘤分化密切相关。 基因表达谱芯片为发现肿瘤相关的功能基因及新基因提供了便捷有力的工具。Luo口增f应用含34176 个基因的cDNA芯片检测了食管鳞癌的基因表达谱变化。对照正常食管鳞状上皮，食管鳞癌组织有77个 下调基因和7个上调基因，其中31个下调基因和1个上调基因系首次发现与食管鳞癌有关。涉及鳞状上皮 A等，这些基因大多编码组成细胞膜结构的钙结合蛋白 TGM3、细胞角蛋白KRT4、KRTl3、GKI，F、cystatin 和钙调节蛋白；而与细胞侵袭和增殖的基因如纤维连接蛋白、SPARC、组织蛋白酶B、KRTl7等均出现表达 节作用。通过免疫组化和Northernblot方法进一步验证了芯片检测结果的可靠性。 I。u【”等应用cDNA芯片检测食管鳞癌基因表达谱时发现，与正常食管鳞状上皮相比，已表达序列标志 eDNA序列，命名为EC97，全长3353 个外显子。对20例食管鳞癌样本分析表明其在食管鳞癌组织中表达率为60％(12／20)。 通过基因芯片分析肿瘤基因表达谱的变化，对差异性表达基因按功能分类，可以发现新的肿瘤病理机 瘤组织内有9个基因表达上调，36个基因表达下调，这些差异性表达基因中有9个与化生四烯酸代谢有关， ketoreductase l和环氧合酶一2(cOx一2)等。半定量RT--pCR、Westernblot、免疫组化等方法证 famtly 等表达上调。该研究提示化生四烯酸代谢途径及其变化可能参与了食管鳞癌的癌变过程。 在食管腺癌发病分子机制研究过程中，基因表达谱芯片同样发挥了更大作用。Dahlberg：朝等用eDNA 芯片对食管腺癌12000个基因表达情况进行了检测，检测标本包括食管腺癌10例、正常胃黏膜6例、食管黏 珏 第一届上海生物芯片与；自化道肿瘤研究论坛 常食管黏膜上皮相比，配对资料分析显示腺癌中有64个上调基因和112个下调基因表达变化达四倍以上。 这些基因涉及细胞骨架、细胞黏附、肿瘤抑制和信号传导等功能。 日本学者Kan[61等采用cDNA芯片同时对多种食管癌细胞株和食管癌组织进行检测，发现了一批在食 管癌细胞株中普遍出现差异性表达的基因，另外还发现部分食管腺癌细胞株(KYAE和OE一33)与鳞癌细 比肿瘤细胞株和癌组织基因表达谱，也存在显著不同，特别是基质金属蛋白酶、纤溶酶原活化因子、胶原、桩 蛋白、血小板凝血酶敏感蛋白2等在食管癌细胞株中表达明显增加，但在食管癌组织中无变化。对食管癌基 因表达谱中23个差异性表达基因聚类分析表明它们对判断患者预后具有一定价值。 基因芯片在食管癌发生过程基因表达变化研究中的应用 一般认为食管癌的发生是由正常上皮、不典型增生到癌变的多步骤过程，在这一过程中涉及多个基因的 变化。运用基因芯片检测手段，对比分析正常上皮、不典型增生组织和癌变组织的基因表达谱变化可以快速 有效地发现与食管癌发生发展有关的信息。xu口1等应用4096个基因的cDNA芯片分别对食管癌、癌前病 变和正常上皮组织进行了分析。发现与正常组织相比肿瘤组织中有135个基因出现差异性表达，其中上调 85个，下调50个；癌前病变组织有31个基因差异性表达，上调27个，下调4个。癌前病变组织与肿瘤组织 相比，有13个基因有相似的