Pathway tools可视化及分析水稻基因表达谱.pdfVIP

Pathway tools 可视化分析水稻基因表达谱1 * * 张晓婷，谢荔岩，林奇英，吴祖建 ，谢联辉 福建农林大学植物病毒研究所福建省植物病毒学重点实验室，福建福州（350002) E-mail ：zhangxiaoting921@163.com 摘 要：后基因组时代的到来使基因转录组学、蛋白质组学和代谢组学等高通量、多层次的 生物研究手段广泛应用于植物科学研究，从海量数据中有效挖掘必要的生物信息成为当今组 学研究的瓶颈问题。RiceCyc （/pathway/ ）及其核心软件Pathway tools 是水稻代谢途径分析的有效工具。本文通过搜索 TIGR （/tdb/e2k1/osa1/ ） 数据库，用Pathway tools 软件的omics viewer 工具将耐盐品种FL478 和其不耐盐亲本IR29 在盐处理条件相对对照条件下的110 个差异表达基因可视化展示在包含362 条代谢途径信息 的RiceCyc 细胞代谢图上，从整体水平上分析了二者对盐胁迫反应的不同。结果表明，在相 同的盐胁迫条件下，FL478 相对IR29 反应明显较快，前者中被诱导的代谢途径主要是能量 循环过程如磷酸戊糖途径、糖酵解和三羧酸循环（TCA 循环），以及核糖的分解、碳水化合 物的利用途径；而后者中表达出现差异的基因主要涉及植物激素的生物合成，细胞结构组分 代谢及次级代谢等途径；类黄酮合成途径在IR29 中被明显诱导而在FL478 中没有变化。 关键词：水稻；基因表达谱；代谢途径分析；RiceCyc；Pathway tools 中图分类号：Q811.4；S11+7 随着高通量研究手段在植物研究中的广泛应用，近年来有多个学者采用基因芯片技术对 生物在盐胁迫下的基因表达谱进行了研究，为完善我们对盐胁迫机制的认识提供了海量的实 验数据[1-3] 。如何从这些纷繁的数据中挖掘出更有价值的信息，是当今组学研究所面临的重 点和难点问题。 迄今为止，拟南芥和水稻等模式植物的基因组测序已经完成，其代谢途径相关信息也在 逐步完善，尤其是一些组学数据分析软件如Mapman ，Pathway tools 和Reactome 等的发展， 更是大大促进了人们对组学数据的理解能力。各种代谢途径数据库，如KEGG ，GenMAPP， BioCarta 和RiceCyc 等迅速崛起，收录了许多有价值的信息。但总体而言，植物的相关代谢 途径不如动物清楚，GenMAPP 没有收录植物代谢的相关信息，BioCarta 中也没有水稻的相 关信息，KEGG 虽然收集了 114 条拟南芥代谢途径和89 条水稻代谢途径信息[4]，但它将多 个物种的代谢途径整合在同一张代谢图谱上，根据相关酶类在某个物种的基因组中是否出现 来判断某一代谢途径是否在此物种中存在，推测的代谢途径与实验证实的代谢途径混杂[5] 。 对于水稻这一禾本科模式植物而言，RiceCyc （/pathway/ ）中收录了 362 个水稻代谢途径信息，涉及 1265 个基因，是第一个可以用于整体分析水稻组学数据相 关代谢途径的工具[6] 。有鉴于此，本文通过整合RiceCyc 数据库信息，用Pathway tools 分析 了Harkamal Walia 等2005 年发表于Plant Physiology 上的两个不同耐盐性水稻品种的基因表 达谱比较数据，将其结果可视化显示在细胞代谢图谱上，从细胞代谢的整体水平上分析这些 基因的差异，充分显示出了高通量研究的整体优势。 1本课题得到国家973 项目（2006CB100203 ）；国家自然科学基金项目）；教育部博士点基金项目 （20040389002 ，20050389006 ）资助。 - 1 - 1 材料与方法 1.1 数据材料和实验设计 本次分析所用的芯片原始数据来自于NCBI /GEO (/geo) ，系列登录 号是GSE3053 。实验共用了11 张