微流控芯片DNA计算机.pdfVIP

2006年11月 第七届全国毛细管电泳及相关微纳分离分析学术报告会文集 上海 微流控芯片DNA计算机 解华1，2李博伟1～，张字1·2刘大渔1·2林炳承1’+ 16023) (1中国科学院大连化学物理研究所，大连，1 (2中国科学院研究生院，北京，100049) l引言 储功能，难以将计算结果实时记录存储下来，成为影响该领域发展的瓶颈之一。本文提出了基于微 流控芯片平台的有限状态自动机的基本构想，将计算机的基本功能如输入、输出、计算、控制，尤 其是存储单元集成于微流控芯片上，利用一个2符号一3状态的有限状态自动机模型解决了等腰三角 形识别问题，同时用该模型证实了生物存储器的可行性和必要性。在微流控芯片平台上成功实现有 限状态自动机和生物存储将为下一步把微流控芯片DNA计算机用于初级的疾病诊断和药物筛选奠 定物质和理论基础。 2实验部分 微流控芯片DNA计算机主要包括微流控芯片工作站、微流控芯片以及用以完成各种生化反应的 试剂盒(图1)。微流控芯片工作站由电源、控制装置和输出装置组成，构成该DNA计算机的控制 单元，同时兼有芯片能源供应和信号收集的功能，其检测器可相对芯片移动，对计算单元和存储单 元中的反应产物分别进行检测。微流控芯片是整个计算机的核心，其中输入、计算、输出和存储单 元均集成在微流控芯片上，在计算单元中利用酶切、酶连、PCR等生化反应完成DNA计算，以串联 的芯片电泳对计算结果进行实时、快速、准确的检测。检测的结果反馈给控制单元，进而控制存储 单元进行一系列生化反应以实现生物存储。该微流控芯片DNA计算机包括了输入、计算、输出、存 储和控制五个单元，是一台完整意义上的DNA计算机。 图1微流控芯片DNA计算机的体系结构图 DN N 0 A合成：互补的DA单链分别稀释至2mM后进行混合，1000C孵育5min，自然冷却 M min，65。C 退火。酶切反应：将5单位FokI酶和2 buffer中，37。C反应30 pmolDNA分子加入109l 加热10min，使酶失去活性。酶连反应：7 10×T4 pmol转移分子、175单位的T4DNA连接酶以及lgl 107 2006年11月 第七届全国毛细管电泳及相关微纳分离分析学术报告会文集 上海 性。以酶连产物为模板进行PCR，扩增产物以芯片电泳检测。 3结果讨论 储功能，难以将计算结果实时记录存储下来，成为影响该领域发展的瓶颈之一。本文中的微流控芯 片DNA计算机包括了输入、计算、输出、存储和控制五个单元，是一台完整意义上的DNA计算机。 等腰三角形识别问题，同时用该模型证实了生物存储器的可行性和必要性。在模式识别时，可将三 角形看成由一些小线段组成，每个线段有相同的长度。这些线段分成水平线、上行斜线和下行斜线 等三种类型，是构成三角形的基本单元，分别用a，b，C表示。在此基础上可把三角形描述成由基 比较。分别用含有a，b的字符串表示三角形的两边，通过比较a，b的个数，进行两边长度的比较。 默认S。为初始状态，如果最终状态为Sl或S2，则a，b的个数一定不等。由于含3种状态的自动机 中存在循环，最终状态为So时，a，b的个数可能相等或相差3的倍数。这样仅从最终状态不能完全 比较a，b的个数。为区分这两种情况，作者设计了生物存储器，记录计算的中间过程。最初建立含 两个栈的存储模式。把a，b对应的存储单元分子MA，MB分别存入两个栈，通过比较两个栈中存储 分子的长度，就可以比较a，b的个数。但这种存储模