微流控芯片DNA计算机在自动机和生物存储方面的初步应用.pdfVIP

芯片麻用 微流控芯片DNA计算机在自动机和生物存储方面的初步应用 解华，李博伟，钟润涛，张宇，秦建华’，林炳承4 中国科学院大连化学物理研究所，大连，116023 f引言 嘣^计算机是一种基于B№生化反应计算模型的新型计算机。迄今为jt的0融计算机缺 乏存储功能，难以将计算结果宴时记录存储F来，成为影响该顿域发展的瓶颈之一。目前， ⅡNA计算赖以实现的载体主要有三类，即试管、金袭面和芯片。早期的J_=作均在试管上进行 n叫3，它的主要成果是证实Dm计算基本原理的可行性。从1998年起，基于金表面的DNA 计算模型也逐步展开¨…，DNA计算的速度得到进一步提高。搬流控芯片技术不同操作单 元灵活组台、犬规模集成的特点，将为取代试管或表面操作，构建一个严格意义上的ⅡNA 计算机提供一种理想的平台。关于微流控芯片DNA计算机的研究￡作尚处于起步阶段。7…。 作者课题组提出了基于微流控芯片平台的有限状态自动机的基本构想。利用集成有酶反 应器、微泵徽阕、温控装置以及芯片电泳等多神操作单元韵芯片，实现计算机的基本功能如 输入、输出，计算，控制，尤其是存储。利用一个2符号一3状态的有限状态自动机模型解 决了等厦三角形识别问藤，同时用该模型证实了生物存储器的可行性和必要性。 2实验部分(晴) 3结果与讨论 3．1计算及存储模型构建 微流控芯片nNA计算机主要包括微流控芯片f作站、微流控芯片以及甩以完成备种生化 反应的试剂盒(蚓1)。芯片是整个计算机的核心，计算机的计算功能和存储功能均在芯片 上完成。微流控芯片DNA计算机包括输入、计算、输出、存储和控制五个单元，是一台完整 意义上的Df{A计算机。其中输入、计算、输出和存储单元集成在微流控芯片上，控制功能由 一台带有传统电子计算机豹微流控芯片Jt作站完成。在计算单元中利用酶切、酶连、PCR等 生化反应完成DNA计算，以串联的芯片电泳对计算结果进行实时、快速、准确的检测。检测 的结果反馈给控制单元，进而控制存储单元进行一 目1№m控#HDN^*■m∞#i镕构目 作者用一个含有2种符号(a，b)，3种状态(so．S，。s。)的有限状态自动机模型(见 I递m联i^：林*女蚓删皿盥塑寨建*幽型业皿幽 摹△m日％象自％精§＆砸日(蜘w钧甜)#＆*863《％(20∞MOⅡ3惦 图2)斛挑J’苜腰．伯彤U…刚题，同时}I】诲模型“实rt物存储器的町钉性和必要性舟 模式0l删时，呵籍·珀形描述成由簋儿缃成的字符串，如图3所州的三角形L口以走乐为 “}mhbbcccc”。为简便讨，列．角脬二边进行硝两比较分刖川古订a，b的字符串表示二 旭憎的阳边．jJ丑过比较m b的个数，进{j炳让K度的比较。默认S．山初始状志，如果昂终 状态为S戚S：，|_!j』a，b的个数定小等，由j：青3种状态的fj动机中存矗：衔叫、，最终状番 为引时，n-h的个数『I，能干}{等或相等3的倍数。 为解决这个旧题，作栉设计r’扛物存储器，LC求训筇的中川过科。币问的存储楼式见削 5，埘个栈的存储丰cl式，把a，b对应的存储峄元分rM，‰分别存入其中，通过}E鞍历个战 q一存储分r的K俊，就呵以比较a．b的个数。个栈柏存储{j；|式-Ⅱ非储a，l】定义的字符串。 状态H断存储收式叫将含棚始状忐信，0．的』{段S也仔入找q一。 目5；#±#存储横R 目6月f”算#存储白勺#片示誊目 3．2微流控芯片设计 微流挣芯片I)NA汁算机涉及了酶切、酶近、PCR以及芯片IU泳等多种单元操作，捧功能 单兀之问衙要微间微泵进行流体拄制。微阎、微泵灶微流控芯片实现人规模集成的重要部什， 也足实现微流挡芯外DNA汁算机真l￡门动他的前摊，如|划6所小，肯订微阀、微采结构的芯 片山层自l成；t层是刻彳『液路的玻璃，中阃层足PDMS．r层足刻省气路的玻璃。将咖s 薄膜强j‘上n吲芒玻璃中n日悝伟4成丁多通道柏芯片。 3．3小结 日lm我们已任微流挂芯片，卜利川曲：酶切、酶琏反应完成了DNA讨葬和存储，以微泵微阀 实现流体控制，咀芯片也泳辫结果进行快速，准确的捡删。描此在微流控芯片L完成了计算 机的基本功能，构建了一台集成彳『输入、输出、训锋、存储和控制功能的微流控芯片Dm 计算机。在微流控芯片平台上JJ豆功实现有限状奄翻动机和生物存储为F_一步把微流控芯片 DNA计算机刚r初