PRIMEHPCFX10のMPI性能改善状況.pdfVIP

PRIMEHPC FX10 のMPI 性能改善状況 富士通株式会社 TC)計算科学) 坂口吉生 はじめに 本稿では、東京大学情報基盤センターで2012 年4 月から稼働している富士通PRIMEHPC FX10 (以 降、FX10) 向けMPI(Message Passing Interface)ライブラリの性能改善状況について記載します。 FX10 システムの並列計算におけるノード間通信は、富士通独自開発の6 次元メッシュ/ トーラスイ ンターコネクト(Tofu インターコネクト*1)を採用しており、1 次元から3 次元のトーラス形状のネット ワーク構成でアプリケーションプログラムの性能が最大限に引き出せるようになっています。 しかし、1 ノード内複数プロセスのMPI 性能においては性能改善要望があり、2013 年に、チューニ ングを施した性能改善版MPI のシステム適用を実施しましたので、改善状況を報告します。 性能改善状況 東京大学情報基盤センター FX10 (Oakleaf-FX) の定期保守時に性能改善を行った MPI 関数を以下 に記載します。 CY2013 1Q 2Q 3Q 4Q TCS-LANG 1.2.1-04 TCS-LANG 1.2.1-07 TCS-LANG 1.2.1-08 1/25 保守▲ 9/20 保守▲ 12/20 保守▲ MPI_Bcast 改善 MPI_Alltoall 改善 MPI_Alltoallv 改善 MPI_Allreduce 改善 MPI_Allgather 改善 MPI_Allgatherv 改善 MPI は言語処理系ソフトウェア (Technical Computing Suite/Technical Computing Language、以降 TCS-LANG) に含まれており、版数管理が行われています。1.2.1-04 版では、Bcast、Allreduce の性能 を改善し、1.2.1-07 版では、Alltoall、Allgather の性能を改善し、最新版の1.2.1-08 版では、Alltoallv、 Allgatherv の性能改善を実施しています。 Oakleaf-FX の言語処理系ソフトウェアの版数は、常に最新版が使用されるように環境変数が設定さ れています。詳細は、利用支援ポータル(https://oakleaf-www.cc.u-tokyo.ac.jp) に格納されている 「Oakleaf-FX 利用手引書」の「1.11.3 実行パス/ライブラリ設定」を参照して下さい。 性能改善内容 Oakleaf-FX 稼働時から、いくつかのTofu インターコネクト向けにチューニングされたアルゴリズム (以降、従来のTofu 専用アルゴリズム)が存在していました。従来のTofu 専用アルゴリズムは、ノード 内に 1 プロセスが生成された場合の性能をターゲットとしていましたが、ノード内に複数のプロセス が生成された場合に改善される新アルゴリズムを作成し、性能を改善しています。 *1 Tofu (Torus fusion) は、富士通の高速インターコネクトの呼称です。 スーパーコンピューティングニュース - 27 - Vol.16,No.2　2014 新アルゴリズムは、Bcast, Allreduce, Alltoall, Allgather, Alltoallv, Allgatherv の6 関数に対して適用し ています。通信はノード間をRDMA 通信で実装し、ノード内はTofu ループバック通信または独自の共 有メモ