计算生物学：基因的语义学研究.pdfVIP

维普资讯 |T技 术 凝固。” 不过 ，一些科学家指出，在蛋 白质表面很小的距离上 电荷可能 计算 物 o0 很大，但却没有发现蛋白质附近 有冰存在。“电池里一直存在着电 场，却从未看到有冻结发生 ，”意 基圆的谣 研宽 大利罗马大学研究水和蛋白质的 物理学家 F·布鲁尼指出。马克和 克莱因都强调 ，崔恩未的试验是 在一个特殊的环境 中进行的，在 自然界中或许不能再现，“我们还 不能过分高兴。” 研究水的流动性的化学家注 意到，在 ca++和 cr 等带有 2-3 个正电荷的离子周围的水分子显 得相当粘滞。要使这种离子附近 的这层水分子移开并换成另外的 分子，要花费 1个小时。与之成鲜 明对照的是，诸如 l(．、Na+等带有 李升伟／编译 单个正电荷的离子周围的水分子 却极易流动。或许 ，上述移动缓慢 的水表明，它正在弱电场中冻结。 计算生物学(研究)需要计算机可读的信息记录。在产生出大量数据 崔恩未得到的物质究竟是否 集的高通量实验和其他研究之后，元分析 (meta—analysis)和预分类的信息 称得上是冰，始终还是个大问题。 正在与 日俱增地得到应用；而纯文本的语义学富集(semanticenrichment) 它必须具备晶体结构 ，才能解决 对于计算机辅助分析是至关重要的。通常 ，人们将语义学标记(semantic 这个疑团，然而现在还没有看到。 tagging)t~解为文本采掘 (textmining)的另一种形式，迄今人们 已经开发 它可能只是一种粘滞的液体。然 了一些工具和技术从文本中回溯性地提取正确的信息．其结果常常充满 而 ，不管 “热冰”在学术上与其名 了多义性。虽然在实验研 究方面取得了一些引人注 目的结果，但信息采 称是否相符 ，从其对细胞的作用 掘工具的广泛应用却落后于预期。本文在述评基础上建议将语义学标记 来看，却没有多大的差别。 “真正 与 电子 出版集成为一个共 同的过程 。 的固体与凝滞的液体，其性能无 章和数据库记录的计算机辅助元 语义学：文本的重要补充 论从哪一点来看都是一样的，”克 分析 ，来帮助研究人员阐释大量的 莱因说 。 不久前 ，“万维网之父”蒂姆- 数据集。今天，流行病学研究和高 英国阿伯丁大学细胞生物学 伯纳斯一李(TimBerners—Lee)爵士 通量技术 (如微阵列技术)常常导 家D·惠特利认为，“热冰”的性能 说：“生命科学是最适合于开拓探 致 以数据集为单位的大量潜在相 具有十分深远的重要意义。“水是 索语义网(semanticweb)的领域 。 关论文被认 同(发表)，其数量之多 生命的熔炉，只要这一环境稍有 例如，在药物发现领域 ，研究人 员 远远超过了人们阅读、解释和综合 改变 ，细胞中的 100种物质就会 使用的许多数据库和信息系统 已 的能力。在本文中，一般所提及的 发生相应的变化 ，”他说，“看来我 经是或者准备好转换为机器可读 元分析是指那些来 自许多记录的 们对人体中这一最普通的液体了 的格式。” 聚合体信息，跟着是整个数据集中 解还很不够。它往往依然会使我 在生物信息学领域，人们 日益 那些概念的逻辑联系。遗憾的是， {1『感至0意夕h。” 借助于一些各 自(主题)分散的文 目前的信息来源提供的大多数信 墨兰 ：!固