人类角蛋白14(KRT14)基因的生物信息学分析的论文.docVIP

人类角蛋白14(KRT14)基因的生物信息学分析 前言：角蛋白14(Keratin 14 , K14)是角蛋白家族中一员，与角蛋白5 组成一组角蛋白对。在正常胎儿和成人皮肤内，K14 的转录和翻译主要在表皮基底层和毛囊进行。角蛋白（keratin ）系硬蛋白之一，是一类具有结缔和保护功能的纤维状蛋白质。由处于α-螺旋或β-折叠构象的平行的多肽链组成不溶于水的起着保护或结构作用蛋白质。角蛋白（Keratin）是以各种动物的毛发、鳞片、羽毛、蹄、角为主要形式广泛存在于自然界中的一种结构蛋白。胶原（Collagen）主要存在于动物的皮、骨、软骨、肌腱、韧带和血管中，是结缔组织重要的结构物质。角蛋白和胶原均为很好的动物蛋白资源[9]，已被广泛的运用到医药、食品等方面，但由于两者特殊的化学结构，性质较稳定，动物难以大量直接吸收，这局限了其在饲料方面的发展[10,11]。而微生物来源的蛋白酶尽管活性很强[12]，可以水解多种难降解的纤维蛋白，如角蛋白和胶原等，但往往不是安全的菌株。 关键词：KRT14、序列、引物、进化树、图谱、基因 一 、材料与方法 1. 材料： 数据来源NCBI的 GenBank数据库。获得KRT14相应的mRNA序列及其注释。 2.方法 2.1人类角蛋白14的序列分析：利用NCBI的ORF Find预测开放阅读框ORF；利用DNAstar 的genquest程序对序列进行转录因子结合位点、限制性内切酶图谱分析；用clustalX进行同源序列比对并构建进化树，用NCBI中的primer-blast设计引物。 2.2人类角蛋白14(KRT14)基因的生物信息学分析 二、结果与分析 1. 从NCBI中获得人类角蛋白14(KRT14)基因全长序列。 其全长：1653 bp 登录号：NM_000526 ，更新时间：2011年10月16日。基因来源菌种分类为：Homo sapiens、Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo.作者分别为：Natsuga,K., Nishie,W., Smith,B.J., Shinkuma,S., Smith,T.A., Parry,D.A., Oiso,N., Kawada,A., Yoneda,K., Akiyama,M. 和 Shimizu,H. 2.mRNA序列如下： 1 acccgagcac cttctcttca ctcagccaac tgctcgctcg ctcacctccc tcctctgcac 61 catgaccacc tgcagccgcc agttcacctc ctccagctcc atgaagggct cctgcggcat 121 cgggggcggc atcgggggcg gctccagccg catctcctcc gtcctggccg gagggtcctg 181 ccgcgccccc agcacctacg ggggcggcct gtctgtctca tcctcccgct tctcctctgg 241 gggagcctac gggctggggg gcggctatgg cggtggcttc agcagcagca gcagcagctt 301 tggtagtggc tttgggggag gatatggtgg tggccttggt gctggcttgg gtggtggctt 361 tggtggtggc tttgctggtg gtgatgggct tctggtgggc agtgagaagg tgaccatgca 421 gaacctcaat gaccgcctgg cctcctacct ggacaaggtg cgtgctctgg aggaggccaa 481 cgccgacctg gaagtgaaga tccgtgactg gtaccagagg cagcggcctg ctgagatcaa 541 agactacagt ccctacttca agaccattga ggacctgagg aacaagattc tcacagccac 601 agtggacaat gccaatgtcc ttctgcagat tgacaatgcc cgtctggccg cggatgactt 661 ccgcaccaag tatgagacag agttgaacct gcgcatgagt gtggaagccg acatcaatgg 721 cctgcgcagg gtgctggacg aactgaccct ggccagagct gacctggag