基因组学和蛋白质组学在药物研发中作用.ppt

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2017-09-01 发布于安徽
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The TB Druggome Bioinformatics 2009 25(12) 305-312 SMAP p-value 1e-5 drugs TB proteins p 1e-7 p 1e-6 p 1e-5 The TB Druggome New Ways of Thinking Polypharmacology – One or multiple drugs binding to multiple targets for a collective effect aka Dirty Drugs Network Pharmacology – Measuring that effect on the whole biological network SPPS273 * Example 2 - The Torcetrapib Story PLoS Comp Biol 2009 5(5) e1000387 Cholesteryl Ester Transfer Protein (CETP) collects triglycerides from very low density or low density lipoproteins (VLDL or LDL) and exchanges them for cholesteryl esters from high density lipoproteins (and vice versa) A long tunnel with two major binding sites. Docking studies suggest that it possible that torcetrapib binds to both of them. The torcetrapib binding site is unknown. Docking studies show that both sites can bind to torcetrapib with the docking score around -8.0. HDL LDL CETP CETP inhibitor X Bad Cholesterol Good Cholesterol PLoS Comp Biol 2009 5(5) e1000387 Example 2 - The Torcetrapib Story Off-target PDB Ids Torcetrapib Anacetrapib JTT705 Complex ligand CETP 2OBD -11.675 / -5.72 -11.375 / -8.15 -7.563 / -6.65 -8.324 (PCW) Retinoid X receptor 1YOW 1ZDT -11.420 / -6.600 -6.74 -8.696 / -7.68 -7.35 -6.276 / -7.28 -6.95 -9.113 (POE) PPAR delta 1Y0S -10.203 / -8.22 -10.595 / -7.91 -7.581 / -8.36 -10.691(331) PPAR alpha 2P54 -11.036 / -6.67 -0.835 / -7.27 -9.599 / -7.78 -11.404(735) PPAR gamma 1ZEO -9.515 / -7.31 0.0 / -8.25 -7.204 / -8.11 -8.075 (C01) Vitamin D receptor 1IE8 0.0/ -4.73 0.0 / -6.25 -6.628 / -9.70 -8.354 (KH1) -7.35 Glucocorticoid Receptor 1NHZ 1P93 /-4.43 /-5.63 /-7.08 /-0.58 /-7.09 /-9.42 Fatty acid binding protein 2F73 2PY1 2NNQ 0.0/ -4.33 0.0/-6.13 /-6.40 0.0/ -7.81 0.0/ -6.98 /-7.64 -7.191 / -8.49 /-6.33 /6.35 ??? T-Cell CD1B 1GZP -8.815 / -7.02 -13.515 / -7.15 -7.590 / -8