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序列的比对 Sequence Alignment What is sequence alignment? Why sequence alignment? Local vs. Global Sequence modifications Example: PAM 250 Which BLOSUM matrix to use? PAM Vs. BLOSUM PAM Vs. BLOSUM Gap penalty 3.1 全局比对（Global Alignment） 3.1.1 Clustalw Clustalw 多序列比对，构建系统进化树 结果 （1）其他应用，确定基因结构 3.1.2 Muscle Muscle Muscle Muscle 3.1.3 HMMER HMMER HMMER HMMER HMMER 3.2 局部比对 （Local Alignment） example 3.2.1 Blast（NCBI） Blast 建库（formatdb） Blast Blast Blat Blat Blat Blat 3.2.3 Blastz Blastz Blastz Blastz Blastz 3.2.4 Genewise 应用1—确定基因结构 应用1—确定基因结构 应用1—确定基因结构 应用2—研究基因进化 应用2—研究基因进化 应用3—检测假基因 3.2.5 Fasta Fasta Fasta Fasta Fasta 3.2.6 Exonerate Exonerate Exonerate 3.2.7 Sim4 Sim4 Sim4 Sim4 Sim4 Sim4 Sim4 Soap Short tags and sequence alignment and mapping Specially design for solexa sequencing technology Author: Li Ruiqiang Web: /pub/soap Soap Example: soap -a S50.fq -d BAC.fa –o S50.soap -p 4 soap -a S50a.fa -b S50b.fa -d BAC.fa –M 17 –X 26 -o PE.soap -p 4 Features: No quality file Parallel mapping maq building mapping assemblies from short reads For the next-generation sequencing data，including solid and solexa Author: liheng Web /project/showfiles.php?group_id=191815 maq Features: 转换成二进制 只关心前24bp 没有比对次数 Solar.pl 连接blast, cross_match, fasta, ssearch, mummer, ssaha等软件跑出来的比对结果，尤其适用于含有intron的比对 Author: Liheng perl ./bin/solar.pl -a prot2genome1 -f blast swissprot-9311.blast > swissprot-9311.blast.solar 当那拿一个物种的基因和另外一个物种的基因组dna进行比对时，就可以定义基因在另外物种基因组上的同源性和基因结构，通过这些信息可以方便研究基因的进化。 下面我们以人的HSP90A protein为例，研究它在棘鱼（Gasterosteus aculeatus）基因组上的进化情况。 使用的命令行： genewise –both –genesf –cdna input-protein2.fa input-dna2.fa >output2.genewise.out 结果处理 通过genewise的比对结果可以得到序列的同源性，现附带我们自主开发的DealGeneWise.pl程序，处理genewise的结果，得到的统计结果中含有同源性等信息： 1860 345 1 1 1 72.27 47.74 700 171 HSP90AA1__mm8-chrX HSP90AA1 464 2668 1 1 2 87.84 71.58 646 3 HSP90AA1__mm8-chr8 HSP90AA1 2346 292 1 1 1 96.99 59.77 724 14 HSP90AA1__mm8-chr5 HSP90AA1 2646 525 1 1 1 95.36 59.37 712 14 HSP90AA1__mm8-chr3 HSP90AA1 2569 431 1 1 1 98.09
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