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生 物 工 程 学 报 Chin J Biotech 2011, April 25; 27(4): 637−644
Chinese Journal of Biotechnology ISSN 1000-3061
cjb@ ©2011 CJB, All rights reserved.
食品生物技术
金黄色葡萄球菌特异性PCR 检测靶点的自动化筛选
1,2 1,3 1 1
范一灵 ，朱东升 ，胡瑜 ，史贤明
1 上海交通大学农业与生物学院陆伯勋食品安全研究中心 中美食品安全联合研究中心，上海 200240
2 上海市食品药品检验所，上海 201203
3 联合利华 (上海) 研发中心 联合利华中国研究所，上海 200335
摘 要: 旨在挖掘用于鉴定金黄色葡萄球菌的高特异性靶点及其PCR 检测引物。采用 C++语言编程，以金黄色葡萄球
菌Staphylococcus aureus MRSA 252 基因组编码序列为对象，对2 656 个可编码区进行分析，获得特异性靶点序列，并设
计PCR 扩增引物。对包括葡萄球菌属 11 个种及其他细菌属在内的共计 137 株细菌验证引物特异性，筛选获得 9 个DNA
序列，并设计了4 对引物。经验证2 对引物的特异性较好，其中引物 SA3 的基因组DNA 检测限为 13.7 fg/μL ，菌体检
测限为9.25×102 CFU/mL 。结果验证了特异性DNA 靶点筛选平台的实用性，该方法突破了传统特异性靶点挖掘方法对
检测对象的限制，适用性广，可移植性强。
关键词: 金黄色葡萄球菌，基因组，生物信息比对分析，编码序列，C++编程
Screening of specific target sequences for the PCR detection
of Staphylococcus aureus by automatic genomic comparison
1,2 1,3 1 1
Yiling Fan , Dongsheng Zhu , Yu Hu , and Xianming Shi
1 Joint Sino-US Food Safety Research Center Bor Luh Food Safety Center, School of Agriculture and Biology, Shanghai Jiao Tong University,
Shanghai 200240, China
2 Shanghai Institute for Food and Drug Control, Shanghai 201203, China
3 Unilever Discover Shanghai, Unilever Research and Development Shanghai, Shanghai 200335, China
Abstract: The aim of this study was to establish a fast and accurate method for developing specific DNA sequences and PCR
primers for the detection of Staphylococcus aureus. An automatic C++ program for genomic comparison was used to identify
specific DNA sequences from the genome of S. au
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