利用基因表达随机性去了解基因调控机制.docVIP

姓名：余君涵 学号：2012207389 Using Gene Expression Noise to Understand Gene Regulation 一般情况下，表型是由基因型和环境因素所决定的。但是，在很多情况下，相同的基因型、相同的环境下，表型却存在着差异。基因表达的随机性已经被认为是造成这种差异性的主要来源。近来很多研究表明，基因表达的随机性与基因调控机制有着紧密的联系。可以利用一些离散的动态模型去描述细胞间蛋白质和mRNA水平的差异性，这可以很好的认识基因调控机制。 组成型基因表达模型 这是一种最简单的模型，它可以描述组成型基因的表达。在这种模型中，转录产物的分布符合泊松分布，转录产物的产生和降解是两个相对独立的过程，互不影响。即可以用下面的微分表达式表示。 m---t时刻转录总量 KR---转录生成速率 γR---降解速率 在一小段时间dt内，转录产物的生成量为 KRdt，产物降解量为mγRdt，即t+dt时刻转录产物的总量为m＋KRdt－mγRdt Zenklusen等人利用单分子荧光原位杂交技术（用大量荧光修饰的DNA寡核苷酸去标记内源性的mRNA转录物，再用荧光显微镜去探测每个mRNA分子的准确位置，做出衍射点图）测量酵母细胞中特定mRNA分子的数量，研究发现，这些管家基因MDN1, KAP104和DOA1的转录产物在细胞中的分布符合泊松分布，并且通过测量细胞核中新生的mRNA量发现转录产物的产生与降解互不影响。这些都与组成型表达模型很好的吻合，因此，该模型是对组成型基因表达的很好描述。 双状态模型 可调控基因产物的分布已经偏离了泊松分布，转录产物的生成与降解也相互影响，因此不能用组成型基因表达模型来描述。研究表明，双状态模型可以很好的描述可调控基因的表达。 Kon：off状态向on状态的转换速率 Koff：on状态向off状态的转换速率 KR：转录生成速率 γR-：降解速率 在这个模型中，启动子有两种状态，on状态和off状态。在off状态，染色体处于封闭的状态，这时转录因子不可到达结合位点，没有转录发生。在on状态，染色体处于开放活跃状态，这时转录因子可以到达结合位点，转录可发生。 该模型定义了一个Fano因子（ ），它是mRNA拷贝数分布的方差与均值的比值，可以定量描述转录产物的分布与泊松分布的偏离，能够很好地反映可调控基因的调控机制。 Fano因子也可以由下式表示 fon：处于on状态的细胞所占的百分数 foff：处于off状态的细胞所占的百分数 可以通过以下热谱图来描述在既定的转录生成速率KR下，Kon与Koff 对Fano因子的影响。 从图中可以看出，即使在转录产物总量不变的情况下，Fano因子因Kon、Koff的变化发生明显改变。mRNA的分布图也发生明显改变。如下图所示： 这三种分布图中，mRNA的总量恒定，均值为25。 ①区域，Kon和Koff均很小，即细胞在两状态间的转换速率很慢，细胞长时间处于on或者off状态。因此呈现双峰分布。 ②区域，Kon很小，Koff很大，即大部分细胞处于off状态，但也存在少量的mRNA激增的现象，则得到了一个长的分布尾。 ③区域，Kon很大，Koff很小，即大部分细胞处于on状态，产物连续生成，因此产生类似于组成型基因的泊松分布图。 一个细胞可以通过增加Kon或者降低Koff将mRNA平均拷贝量从2增加到25（如热谱图所示），增加Kon可以将②型表型转化为③型表型，类似泊松分布；相反地，减少Koff可以将②型表型转化为①型表型，产生双峰分布。因此，尽管在这两种调节机制下，mRNA的拷贝数发生了相同的变化，但是单个细胞的动态分布图却很大差异。通过研究这种差异来了解基因调控机制。 从波动基因之间的相关性来推断基因调控相互作用 大多数胞内蛋白质可进行随机波动,它可以激活或抑制下游的过程,从而引入有价值的扰动。因此在