林木全同胞群体多位点连锁分析.pdfVIP

维普资讯 Journal of Biomathematics 生 物 数 学 学 报 2005，2o(41：496—504 林木全同胞群体的多位点连锁分析 童春发 施季森 (南京林业大学 林木遗传和基因工程实验室，江苏 南京 210037) 摘 要： 多位点连锁分析是构建人类以及动植物的遗传连锁图谱的关键步骤之一，但是由 于林木遗传背景的复杂性，多位点连锁分析在林木的全同胞群体中还没有得到应用．本文将多位 点连锁分析应用到林木的Fl代全同胞群体中．对于全同胞群体的任意分离比的两个位点，给出 了在不同的连锁相下从一个位点到另一个位点的转移概率矩阵．对于给定的一列标记位点，考虑 了不同分离比位点以及两位点间的连锁相信息，采用隐马尔可夫链模型计算极大似然函数和相邻 位点间的重组率．本文的方法有助于构建完整的高密度的林木遗传连锁图谱． 关键词：多位点连锁分析；隐马尔可夫链模型；全同胞群体；林木 中图分类号：Q348；O213 MR 分类号：92D10；92B15 文献标识码：A 文章编号：1001—9626(2005)04—0496—09 0 引 言 随着分子生物学的不断发展，人们能够获得多种多样的 DNA分子标记，如 RAPD、 RFLP、AFLP、SSR、ISSR、EST、SNP等．利用这些分子标记，已经构建了多种生物 的分子标记遗传连锁图谱．在植物中，已建立的遗传图谱有大麦、水稻、玉米、大豆、西红柿 和土豆等 [1-5】．在动物中，已建立的遗传图谱有小鼠[。】和实验鼠[，还有猪、马、牛、羊、 鸡等家畜和家禽，甚至还有家蚕 [81，最近Kong等人 [0】建立了人类高密度遗传图谱．遗传图谱 是系统地进行基因组研究的基础，是在分子基础上进行动植物育种的依据． 在获得大量的分子标记位点数据后，绘制某种生物的连锁图谱先进行两点连锁分析并据此 将所有的标记位点划分成若干个连锁群，然后对每个连锁群内的标记位点进行排序并确定相 邻位点间的遗传距离 [i0ii】．多位点连锁分析是对给定的标记位点的一个排序同时进行连锁分 析，并给出这个排序的似然值．对于具有m个位点的连锁群，比较m!／2个排序的似然值可以 获得最优的排序 [12]．当m较大时，比如 2O，其计算量相当惊人以至于无法实现，为此文献中 给出了许多近似的排序计算方法 [13--16】．在多位点连锁分析中，目前主要有两种计算似然值的 方法，即Elston—Stewart[】算法和 Lander—Green[12】算法，前者的计算量与家系里的个体数呈 线性增加而与标记位点数呈指数级增加；后者的计算量却与家系里的个体数呈指数级增加而与 标记位点数呈线性增加 [181．Lander—Green算法采用隐马尔可夫链模型的方法，可以处理缺失 收稿 日期：2005—03—30 基金项耳：国家重点基础研究规划 9“73”项目(TG1999016004)和江苏省基础研究计划项目(BK2003098) 作者简介：童春发 (1963一)，男，安徽人，副教授，博士． 维普资讯 第4期 童春发等：林木全同胞群体的多位点连锁分析 的或不具有完全信息的标记数据，因此在多位点连锁分析中已得到广泛的应用 1【9j，近来不少 作者为了提高计算速度对此算法的具体实现作了一些改进 [18,2o,21]． 多位点连锁分析最初是用于构建人类的遗传连锁图谱或寻找疾病基因，随后很快在由纯系 产生的动植物群体的连锁图谱的构建中得到了广泛的应用．然而，在林木中，由于其生长的周 期长，几乎不可能得到象自交系那样产生的近交作图群体 (如BC、F2群体等)．因此，目前在 林木遗传图谱的研究中，一般采用 拟“测交”作图策略 [22]，即利用林木的F 代群体的 l：1分