凋亡相关基因整合分析及基因表达芯片制备.pdfVIP

Techniques and Methods 技术与方法 生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 2008, 35(12): 1451~1460 凋亡相关基因的整合分析及基因表达芯片的制备* 1) 2) 3) 1) 1) 1) 黄茉莉 孙道春 娄雅欣 尹燕斌 李川昀 张 勇 1) 2) 2) 1) 1)** 高 歌 王升启 伯晓晨 魏丽萍 李松岗 1) ( 北京大学生物信息中心，北京大学生命科学学院，北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室，北京 100871； 2) 3) 肿瘤研究所 北京放射医学研究所，北京 100850； 中国医学科学院 ，细胞和分子生物实验室，北京100021) 肿瘤医院 摘要 利用IPI 和GenBank ，收集了与凋亡相关的5 333 条基因序列，用一定的标准，整合筛选得到 1 384 个凋亡相关的基 因．通过亚细胞定位、组织表达差异显著性分析、 自然正义/ 反义RNA 对预测、基因簇在pathway 上的定位、蛋白质/ 蛋白 质相互作用等方面的分析发现，一些基因只在一个组织里显著差异表达，一些基因存在自然正义/ 反义RNA 对现象，一些 基因簇同时位于多条pathway 等重要信息．同时，制作了一张凋亡相关基因的寡核苷酸芯片，并且对于一对NAIF1 表达质 粒转染前后的HeLa 样品，通过该芯片的筛选，得到24 个差异表达的基因．发现NAIF1 过表达诱导的细胞凋亡，伴随了 PAX2、PDCD8、PDCD10、DFFA、CASP7 等基因表达的显著变化，同时还发现，U58668 ，该mRNA 没有任何基因或蛋白 质的注释信息，当camptothecin 诱导U937 细胞系凋亡时上调，在这里的NAIF1 过表达诱导的HeLa 细胞系中也上调(上述数 据结果见:2005/chip) ． 关键词 凋亡，生物信息，NAIF1 ，生物芯片 学科分类号 Q81 随着人类基因组测序工作的完成，数据资源的 信号通路基因芯片、应激和毒性通路发现者基因芯 急剧膨胀，使得数据之间的交叉融合分析开始兴 片、细胞周期基因芯片等．如SuperArray 公司制 起．各种致力于某一领域方向的数据整合分析正成 作了包含 128 个凋亡相关基因的OHS-012 寡核苷 为研究的一个热点． 酸芯片和96 个凋亡基因的HS-002 寡核苷酸芯片； 细胞凋亡是细胞生命周期中的重要组成部分， DualChip 制作了包含 136 个凋亡基因的cDNA 芯 [1] [2, 3] [2, 3] 与胚胎发育 、组织发生 、组织分化 、组织修 片；上海生物芯片有限公司制作了含458 个凋亡相 [4] [4, 5] [6] 复 、 内环境的稳定 、细胞癌变 等过程有紧密 关基因的cDNA 芯片(V1.0) ；此外GEArray，BD [7] 的联系 ．2003 年 Kutbuddin 等从 domain 入手， clontech ，RD Systems ，Sigma-Genosys，晶美生 作了凋亡蛋白的 二级