0在HIV1蛋白酶和配体ABT538结合中作用的QMMM研究.pdfVIP

2008年12月 山东师范大学学报(自然科学版) Dec．2008 of Normal V01．23No．4 第23卷第4期 Journal Science) ShandongUniversity(Natural 结合中作用的QM／MM研究* 刘宝山 张少龙 张庆刚 (山东师范大学物理与电子科学学院，250014，济南／／第一作者26岁，男，硕士生) 摘要结晶水分子W301在几乎所有的HIV一1蛋白酶(mv一1PR)和配体的晶体结构中出现．在I-I／V一1豫中A链天门冬 PR／ABT 一538结合中的自由能贡献分别为一16．88kJ／∞l、一17．63kJ／tool，W301水分子在HIV一1PR／ABT一538的结合中起到了关键的作 用．进一步分析发现W301水分子与HIV一1PR和ABT一538分别形成了两个、四个氢键． 关键词Qr,VMM方法；HIV一1蛋白酶；结合自由能；MM—GBSA 641．12 中图分类号O mechanicalandmolecularmechanical 量子力学和分子力学(hybridquantum 反应研究中，人们认识到QM／roI方法在生物大分子模拟中的重要作用．理论上，量子力学方法能较好地处理要研究的系统， 但是非常耗机时．半经验方法采用来自实验及从头算的数据拟合参数，从而简化了求解薛定谔方程的过程．这样，半经验方法 相对耗机时少，可应用于研究大的体系．最有名的半经验方法是AMl，PM3．用量子力学方法来模拟系统部分区域的优点是明 显的：量子的计算能够对需要了解详细过程的物理现象有更好的描述，例如极化现象，电荷转移，以及化学键的断裂和形 成n一“． H1V一1病毒的感染可引起获得性免疫缺陷综合症(∞quired PR是H1V一1病毒 immunodeficiencysyndrome，AIDS)．HIV一1 复制的必需酶，因此抑制HIV一1PR催化机能的发挥就能阻止HIV一1病毒的复制．HIV一1 使HIV一1PR失去活性，从而使HIV一1病毒复制中断，减慢甚至阻止HIV一1病毒在细胞中的蔓延． 在研究HW一1 PR和配体之间起桥联作用的结晶水分子W301， PR和配体的相互作用时，通常去掉晶体结构中在HIV一1 然而在几乎所有的HIV—lPR和配体的晶体结构中发现W301水分子，W301水分子可能在HIV—lPR和配体结合中有着重要 作用．研究W301水分子在HIV一1 PR和配体结合中的作用是当今的一个热门课题．ShaomengWang等人用双耦合自由能分子 动力学模拟方法计算W301水分子的作用，在HIV一1 HIV一1 Z PR／ABT一538结合中的自由能贡献分别为一15．89±1．67kJlmol、一17．14±I．25kJ／mol【3j．JohnH．压鞠g等人用量子 的MFCC方法计算了W301水分子和HIV一1PR的相互作用，发现W301水分子分别与HIV一1 键H】．W301水分子在HIV一1 PR／ ABT一538复合物进行了动力学模拟，用MM—GBSA计算W301水分子在HIV一1 水分子和HIV一1PR／ABT一538之间进行了氢键分析． 1 QM／MM方法、 QM／MM方法是将系统分成两个区域，对需了