水稻和拟南芥MADS和MYB转录因子密码子用法及系统进化分析.pdfVIP

摘要 该论文比较了水稻和拟南芥全基因组MY8和MADS两转录因子的密码子用法偏性， 阐述了他们的结构特点、并作了系统进化分析；所得结果将有助于对植物转录因子的相互作 用及基因表达和调控方式的深入探讨，在作物育种上也有潜在价值。 1、植物转录因子的研究进展 植物各种诱导型基因的表达主要受特定转录因子在转录水平上的调控。典型的转录因子 含有DNA结合区、转录调控区、寡聚化位点及核定位信号专区等功能区域。本文简要介绍 转录因子的概念、结构及分类。同时分别介绍了MYB和MADS两转录因子的研究概况。 2、拟南芥及水稻转录因子MAD8密码子的偏好性比较 大多数与花发育相关的功能基因属于MADS基因家族。应用CodonW的因子分析表明， 拟南芥MADS转录因子家族偏好使用A、U结尾的密码子，而水稻MADS转录因子家族偏 好使用G、C结尾的密码子。同时通过氨基酸序列的多重比对表明密码子偏好性与氨基酸序 列及=级结构之间存在关联，证实了不同的密码子编码的氨基酸位于蛋白质二级结构的特定 位置。 3、水稻和拟南芥MADS转录因子家族结构及系统进化分析 从水稻和拟南芥全基因组中分别得到了42条和25条水稻MADS盒蛋白，其中拟南芥 GC含量较高(56．91％)。拟南芥极性氨基酸含量最高(30％)，而水稻中疏水性氨基酸含量 42条拟南芥和25条水稻MADS序列进行系统进化分析，发现这些序列分别归属在AGL2、 的的调节作用。 4、拟南芥及水稻转录因子MYB密码子的偏好性分析 水稻和拟南芥MYB转录因子的G、C含量相差很大，高G+C含量的水稻特别偏好使 用以C和G结尾的密码子，其含量分别达68，8％和462％，而低e卜C含量的拟南芥中则以 6％和6 G和C结尾的密码子分别仅为21 3％，推测水稻和拟南芥MYB转录因子中G+C含 量在其统一密码子使用偏性方面有较大的决定系数。CodonW的因子相关性分析结果表明， 拟南芥中MYB转录因子家族偏好使用A、U结尾的密码子。A、U结尾的密码子在FCA的 图上比较集中，与G、C结尾的密码子很明显的分开。发现密码子的偏好性使用对MYB的 二级结构产生一定程度影响。 5．水稻和拟南芥R1R2R3MYB转录因子的分析 通过水稻和拟南芥全基因组搜索分别发现96个和116个MYB转录因子，其中RIR2 结构域的最多，分别占62．2％ffll71．6％。其次是Rl结构域，RIR2R3结构域最少。比较了 11个拟南芥和13个水稻R1R2R3MYB蛋白，其中拟南芥的平均长度为381aa，GC含量较 低(426％)，而水稻平均长度为283aa，Gc含量较高(67％)。但两种植物中氨基酸含量基 本一致。多序列比对结果表明，MYB蛋白之间的保守结构域及其组成残基，可分为6个皿 关键词：水稻，拟南芥，MYB转录因子，MADS转录因子，密码子偏性，多序列比对，结 构域，系统进化分析 Abstract Genome—wide ofMYBandMADS factoroncodonbias comparisons transcdptional aremadein andRiceTheresultsobtained thestructureand Arabidopsis byusing ofboththe factorswillbe to analysis their phylogenetics transcription helpfulinvestigate interactionbetweendifferentand and alsowillbe genesgeneexpressionregulation，and inthe potentialcropbreeding． 1．The