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·6592 · 中华临床医师杂志( 电子版)2013 年7 月第7 卷第14 期 Chin J Clinicians(Electronic Edition),July 15,2013,Vol.7,No.14 ·综述· DNA 拷贝数变异及其研究进展 马天骏 邓祯祥 陈诗哲 周文琪 李金明 人类基因组变异有多种形式，例如单核苷酸多态性 1）。一般情况下，扩增较缺失更为多见、覆盖的范围也相对更 （SNPs ）、可变数串联重复序列、转座因子的有无以及结构变 大，这主要是因为染色体大片段缺失会造成比扩增更为严重的 异。在基因组中这些变异普遍存在并且广泛分布，个体间表型 表型后果，使得后代更难在进化中生存下来，从而使得变异基 差异和许多遗传病及一些疾病的易感性被认为是由这些变异造 因无从遗传。 成的。 二、研究技术 在上述不同类型的遗传变异中，SNPs 已成为过去十多年来 鉴于CNV 在研究人类疾病发生机制方面的重要意义，对 的研究热点，而人类遗传变异单体型图谱[1-2]构建完成更是将其 人类基因组CNV 变异情况的研究引起了越来越多的关注和重 推向了一个新的高度。一般认为 SNPs 是最普遍最重要的遗传 视[10-11] 。目前测定CNV 的方法主要包括PCR 技术、高通量芯 变异，然而最近研究表明：仅关注 SNPs 是不够的，在基因组 片技术以及高通量测序技术等[12-14] 。每种测定方法都有各自的 中有重要功能意义的变异还有其他形式，如近年来最新被诠释 特点，各有优劣，下面将逐一介绍。 的变异形式——拷贝数变异（copy number variation，CNV ）。 1. PCR 技术：实时荧光定量PCR 技术是在PCR 反应体系 研究发现CNV 包含的信息量至少是SNPs 的3 倍。因为CNV 中加入荧光基团，通过荧光标记特异性探针，利用荧光信号累 内部含有基因，所以它们很可能在人类疾病和药物应答中起重 积实时监测整个实验过程，结合软件对产物进行分析，最后通 要作用。呈孟德尔遗传的单基因遗传病及一些罕见复杂的 过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。但由于荧光染料 疾病都与其相关。基因复制数量改变、基因断裂、融合及 光谱重叠的限制，这种方法不能进行高通量CNV 检测，而且每 位置改变等都有可能是它的致病机制。CNV 的研究为我们 次PCR 只能分析一个或数个靶点，稳定性及准确性不高。 对个体间的表型差异、遗传病致病因素等研究提供了新的 多重连接探针扩增技术（multiplex ligation dependent probe 思路。 amplification，MLPA ）属于多重PCR 技术，是现有使用比较普 一、什么是CNV 遍的多重检测技术。它克服了荧光定量PCR 检测数量有限的问 早在 70 多年以前，在果蝇 Bar 基因的相关遗传研究中就 题，可以于单一反应管内同时检测40 个不同的核苷酸序列的拷 已经发现，由CNV 造成的表型变异及基因作用显示一定的剂量 贝数变化，且仅需20 ng/μg 的DNA 。这种方法灵敏度和特异性 效应，它通过扰乱和改变基因含量来影响基因的表达从而导致 较高、重复性强。但是MLPA 的探针是针对基因位点设计的， 表型的差异[3] 。Iafrate 和 Sebat 于2004 年带领各自小组首次描 然后用这些探针位点的拷贝数信息确定基因的数量信息，所以 述了人类基因组中DNA 片段大小从1 kb 到几个Mb 范围内的 不能发现其中是否有数量改变的变异，平衡异位及倒位现象都 拷贝数变异存在。拷贝数变异是指大小从kb 到Mb 范围内亚微