充分利用Bioperl加速生物信息学的研究.pdfVIP

生 物 信 息 学 　China Journal of Bioinformatics 　　　　 　　　　　　　　　　　　　　专论与综述 充分利用Bioperl 加速生物信息学的研究 周猛 ,童春发 ,施季森 ( 南京林业大学 国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室 ,南京 210037 ) 摘要 :Bioperl 是 Perl 语言专门用于生物信息的工具与函数模块集 ,是世界各地的 Perl 开发人员在生物信息学 、基因组学以及其 他生命科学领域的智能结晶 ,服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家 。通过对 Bioperl 进行了详细的介绍 ,并利用几 个研究中的应用实例充分说明Bioperl 在生物信息学研究中的重要地位 。 关键词 :Bioperl ;生物信息学 ( ) 中图分类号 :TP312 　　文献标识码 :A 　　文章编号 :1672 - 5565 2008 - 01 - 43 - 03 Take advantage of bioperl to promote bioinformatics ZHOU Meng ,TON G Chun - fa ,SHI Ji - sen ( The Key L aboratory of Forestry Genetics and Engineering State Forestry A dministration , N anj ing Forestry University , N anj ing , 210037 , China) Abstract :The Bioperl proj ect is an International open - source collaboration of biologists , bioinformaticians , and computer scientists that has evolved into the most comprehensive library of Perl modules available for managing and manipulating life - science information . This study will introduce the Bioperl Toolkit detailedly , and give specific examples of how the toolkit can be used to solve common bioinformatics problems. Key Words :Bioperl , bioinformatics 　　目前生物信息学的软件工具很多 ,但尽管他人写的程序 比。Perl 非常擅长于切割 ,扭转 ,绞 ,弄平 ,总结 , 以及其它的 能满足一定的需要 ,而用户往往要 自己拿出最佳解决方案 。 操作文字文件 。生物资料大部分是文字文件 :物种名称 ,种 Cynthia Gibas 和 Per J ambeck 等通过对包括 J ava 、C 、FORTRAN 属关系 ,基因或序列的注解 ,评注 , 目录查阅 , 甚至DNA 序列 等在内的程序语言编写的生物信息学软件调查后认为 Perl 也是类文字的。现在互相交换以文字文件的形式存在 ,但是 是理想的选择[ 1] 。Bioperl 作为 Perl 语言专门用于生物信息 具有不兼容的资料格式的生物信息资料是一大共享平台的 的工具与函数模块集 ,是世界各地的 Perl 开发人员在生物信 障碍 。Perl 的