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第 39 卷 分析化学 FENXI HUAXUE 研究 第期
2011 年月 Chinese Journal of Analytical Chemistry ~
: /
DOI 10.3724SP.J.1096.2011.00000
人工神经网络 紫外光谱法短串联重复序列基因分型检测
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汪雪娇 牟红元 鲁 辉 豆兴茹 邱 婷 谢洪平*
( , )
苏州大学医学部药学院 苏州 2 15123
摘 要 以STR 基因座 D 16S539 中的总核心重复串数相差较小的 10 11, 10 12, 11 11 和 10 13 基因型为研究
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, , ( ) 。
对象 以紫外光谱为判别变量 建立了以人工神经网络 ANN 提取富信息变量为基础的ANN 基因分型方法
, ,
在优化条件下 对 4 个基因型样本进行了聚合酶链式反应扩增 以扩增样本在 200~310 nm 范围内的检测光
。 ,
谱进行预处理和偶合的ANN ANN 网络优化 结果表明 提取富信息变量和基因分型的ANN 的最优网络结
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, ( )
构分别为 391 50 391 和 50 6 4 该结构下的判别模型的校正相对均方根误差 RMS 和预测 RMS 分别是 0.0279
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, 。
和 0.04 18 模型表现出了良好的稳健性和 100% 的基因型正确预测率 成功实现了基于紫外光谱对 STR 基因
、 。
型的快速 简单和低成本检测
; ; ;
关键词 短串联重复序列 紫外光谱 人工神经网络 基因分型
引 言
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( ) ,
短串联重复序列 STR 是一类广泛分布在人和动物基因组中的DNA 重复序列片段 STR 的核心序
, , , ,
列为2~6 bp 呈串联重复排列 重复 15~30 次左右 其总长度一般位于 100~400 bp 之间 多位于基因
[1]
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